當王導從司馬睿口中聽得要接受朝廷改編的話后，整個人都愣住了，他也不知道是該歡喜還是該悲傷。自打從北地回來之后，王導整個人就沒了精氣神。攝于北地強大的軍事、經濟實力，王導自認沒有本事讓江東起死回生，他就只能眼睜睜一步步走向覆滅。
再者以前王導背負著瑯琊王氏崛起的重擔，但現在隨著皇帝司馬遹的統治日益穩固，瑯琊王氏重心早就不再王氏兄弟身上，而是放在了皇帝岳父王衍的身上。王導沒有其兄那么狂熱，因此從北地回來之后，他就放棄了直接對抗的打算。
雖然有時候王導也想建議司馬睿改旗易幟，但內有江東本地士族掣肘，外有自家堂兄王敦強硬阻撓，因此他也不敢明目張膽地勸說司馬睿接受北地改造。可如今不同了，司馬睿在內外壓力的逼迫下先崩潰了。
看著已經崩潰的司馬睿，王導也不禁黯然神傷，不管怎么說對方也是他曾經看好的主公，而今他卻不得不忍痛勸說對方向曾經的‘敵人’低頭。
“大王，臣知道這樣做讓您受委屈了，但不管怎么說你也是司馬家的一員，到了北地陛下定不會為難大王，到時大王也像淮南王那樣做個逍遙王爺又有何不可？”
“茂宏，其中的利害關系寡人已經想明白了，哼！別以為寡人不知道那些主戰的江東世家打得什么盤算，他們不過是想讓寡人當替罪羊罷了。要是一戰能打消北地覬覦江東的野心是最好了，若不行他們還能將寡人推出去當個替罪羊，而他們自己則搖身一變再成為北地的官員！”
“真是打得一把好算盤！”司馬睿冷笑道。
“大王，既然您已經拿定了主意，但我們還是要小心保密。萬一被其他人知道恐發生不測，今后大王還要繼續做出堅持主戰的樣子，屬下則悄悄地跟北地聯系一下將大王的真實意圖告之對方。只要與北地取得聯系，起碼大王的人身安全能得到保證。”由于事關自家性命，因此王導不敢大意。
盡管王導再三叮囑了司馬睿。但這個世界上就沒有不透風的墻。正應了那句‘若要人不知，除非己莫為’，很快司馬睿的異動就被江東世家所獲知。結果就像捅了馬蜂窩一樣，江東人不干了，他們認為這是司馬睿在背叛江東，一時間江東內部波詭云譎，暗潮涌動。
世家大族不會站在司馬睿的角度考慮問題，他們只會認為司馬睿的舉動侵害了江東本地的利益，這就是世家大族的德行，一向只考慮自己的利益。
不過。雖然江東世家叫囂的挺厲害，但他們也不敢輕舉妄動。畢竟和司馬睿牽扯在一起的還有王導。別看王導手無寸兵，但其兄長可是手握十幾萬大軍的實權人物，因此在沒有摸清王敦的真實想法之前，江東士族還不敢拿司馬睿怎么樣。
江東士族推舉沈充為代表前往建康拜會王敦，一見面沈充就挑撥道：“大將軍，當初你力主將這司馬睿扶上江東之主的位子上，如今晉王羽翼豐滿。要將我等世家踢開了，幾乎要將世家大族給滅族了，將軍有何感想？”
王敦雖然明知對方在挑撥，但他仍然感到不滿。自打司馬睿坐上了晉王的位子之后，他跟司馬睿的關系就逐漸降至冰點，這一次若不是為了籌措軍資，他才不會充當對方的打手。而且他一向主張強硬面對北地，非常敵視皇帝司馬遹采取的一系列限制世家的政策。
“感想？沒什么感想，本官倒是要好好感謝一下你們江東士族。這次若不是諸位的大力支持，本官也不可能在這么短的時間內籌措到足夠的軍資！”王敦也不是好惹的，他聽出了對方帶些譏諷的口吻，因此毫不客氣的還了回去，反正他跟江東本地士族的關系也不十分和睦。
沈充眼中怒火一閃而逝，依舊面帶笑容地說道：“那幫家伙自尋死路，這都是大將軍應得的。之前的恩怨我們就不要再說了，已經到了大將軍手中的東西，我們也沒打算再要回去。但是有一件事我們江東本地士族卻不得不多說一句。”
“嗯？何事？”王敦皺著眉頭問。
“不知大將軍與長史大人最近聯系過沒有？”
“我弟茂宏？沒有，我們已經有段時間沒有聯系了，怎么了？發生什么事情了？”
“大將軍有所不知，近日晉王與長史二人正在密謀接受朝廷的改編！”
“什么？！這不可能！”王敦豁然變色，他怎么也沒想到前幾天還積極為其籌措糧草的司馬睿與王導二人，轉眼就要把他給賣了。
“怎么不可能，大將軍難道還不相信我江東世家的力量？晉王府對我們來說就完全的不設防，里面不管發生了什么事很快就會被我們知曉。數日前，司馬睿二人在晉王府秘密交談很長時間，經過我們多方打探發現，原來晉王已打定主意準備投降了，其中負責聯系北地的人選就是長史大人。”沈充斬釘截鐵地告訴給王敦一個讓他震驚無比的消息。
王敦一直都主張以武力對抗北地，如果司馬睿真的在背后策劃了投降行動，那最受傷害的除了江東本地士族外就要數他王敦了。
“那沈大人今日到來又是何意？不會是來看本官的笑話來了吧？”
“哈哈哈，大將軍這是說得什么話，不管怎么說我們都是出身世家大族，與北地司馬遹乃是不共戴天之敵。一旦真讓北地進入了江東，那我們世家的好日子可就真的要到頭了，因此我們應該摒棄前嫌，共同協作來全面阻止晉王的計劃。”
王敦聞言沉默了下來，沈充也不著急，他知道王敦正在權衡利弊。經過一番仔細思索，王敦決定與江東士族合作。不管怎么樣，王敦都無法接受司馬遹統治江東，他對司馬遹的成見很深，當初北地清算中原世家的時候，他的不少朋友都被司馬遹毫不猶豫的砍了腦袋。如今天下世家的地位之所以急劇下降，和北地司馬遹一直奉行的打壓政策離不開。
“那我們應該怎么做？”
“很簡單，將軍只需如此這般，這般如此！”
“好，一言為定！”
洪武十二年，九月底，王敦以‘清君側’為名正式舉兵向吳郡前進。江東本地士族沈充亦在吳興郡舉兵響應王敦。司馬睿對王敦的行為十分憤怒，于是決意與對方決戰，要親率大軍與王敦對抗，并召命王導、劉隗和戴淵回建康準備防衛王敦的進攻，又下令斬殺王敦就可封為五千戶侯。
王敦同時呼喚荊州刺史溫羨，請他一同進攻，溫羨原本答應了下來但到最后卻沒有領兵前來，反而派了一名參軍前往建康諫止王敦。這讓王敦大驚，他以為溫羨要倒向司馬睿一方，最后他只好親自給溫羨寫了一封信并以公爵之位請求對方支持，但溫羨早就接受了王導的勸說，因此他對王敦的立場猶豫不決。
王敦又書信其堂弟王導請他承任軍司，企圖拉攏對方，但被王導毫不猶豫的拒絕。為了避免刀兵之禍，王導反而派心腹到建康勸王敦趕緊息兵并向晉王請罪。
雖然王導多番規勸，但王敦仍然在江東士族的支持下自持強兵而固執己見。隨后王敦讓沈充率軍二萬從吳興郡東進攻擊吳郡重鎮嘉興，因嘉興城城池不穩固而又缺乏軍需儲備，眾人都十分恐懼，嘉興城中傳聞叛軍已到，眾人大驚而離散。
王敦起兵叛亂的消息傳來之后，晉王司馬睿是既怒又怕。一方面他既惱怒王敦目無尊上的舉動，另一方面他又害怕王敦攻破了吳縣之后秋后算賬。雖然有人建議他將吳縣內的王家人全都誅殺以報復王敦，但司馬睿思前想后還是拒絕了對方的建議。
為了抵抗王敦，司馬睿只要任王導為前鋒大都督，戴淵為驃騎將軍、都督吳縣諸軍事。同時又命王廙勸止王敦，但王敦不聽，更留下王廙自行任用。王敦逼近吳縣時，司馬睿親自領軍在城郊準備迎戰。
王敦在郊外打敗了司馬睿的大軍，然后兵臨吳縣城下，還沒等司馬睿重新布置吳縣的防守，就被城內的江東士族給打開了城門向王敦投降。王敦因而順利占據了吳縣城。司馬睿在王導的保護下狼狽向東逃亡。
王敦拿下了吳縣之后志得意滿，沒有在第一時間去追捕司馬睿，結果讓對方順利逃走。而王敦在吳縣則放縱士卒四處搶掠，導致當地大亂，官員逃走，更是激化了他與江東本地士族的關系，畢竟吳郡吳縣乃是江東本地士族的根基所在，王敦作孽吳縣只能損失江東本地士族的力量。
先不說江東愈演愈烈的叛亂，單說司馬睿與王導逃到海邊之后，‘恰恰’被游弋在吳郡東邊海域的大晉皇家海軍截獲。