五月底，吳紹霆從上海返回了廣州，順便還帶回了廣州起義時用來護送袁樹勛逃跑的“廣金”號。“廣金”號到達廈門之后放下了袁樹勛等人，立刻就起義北上了。這幾個月一直與上海海軍基地的官兵響應，幾乎已經被編入了上海海軍基地的序列。吳紹霆在上海這段期間碰巧遇到了“廣金”號艦長，艦長是廣東人，渴望返回故鄉，吳紹霆也巴不得多一艘軍艦鞏固廣州海防，遂與上海海軍司令部、都督府進行談判。
上海方面一開始及其不愿意放走“廣金”號，軍艦的價值大家都心知肚明。為此吳紹霆還與海軍司令部大發脾氣，在海軍辦公室摔了兩次茶杯，同時還鼓動“廣金”號官兵主動爭取回歸廣州。
都督府對此這件事感到很無奈，最后迫于形勢只好站在了吳紹霆一方，要求海軍司令部放行。海軍司令部是獨立的機構，名義上遵從都督府，實際上則是自立門戶。可盡管如此，雙方面壓力之下不得不妥協。
全國代表大會對于吳紹霆只是一次觀光旅游，順便討到手一些政治資本。對于此次東行他感到很滿意，哪怕只是與岑春煊、孫中山、伍廷芳等人的見上一面，都是十分值得的。臨別前，宋教仁、蔣志清以及廣東代表都到碼頭相送，這讓吳紹霆感到了幾分得意。
六月初，“廣金”號和“廣玉”號抵達廣州港，廣東革命政府與軍部派人前來迎接，其場面比起上海臨別的場面更加隆重，只差沒有出動軍樂隊了。
回到軍部，吳紹霆聽取了鄧鏗、李濟深、何福光三人的匯報。這離去的這一個月時間里，廣東全省的軍務整編工作差不多接近尾聲，只是未能入編的士兵、各級軍事長官以及警察學校的事宜都還等待吳紹霆親自批示。吳紹霆對三人的處理十分滿意，正好他在上海春風得意了一番，于是不吝言語好好的稱贊了他們。
在上海時，吳紹霆閑暇之余曾慎重考慮過新編第三師的人事任命問題，早已經有了一份草稿。如今加以短暫的醞釀即便可以執行。不過總得來說，這次是要提拔一批中下級軍官了。
新編第三師下轄三個步兵團、一個炮兵營，步兵團序列為第七團、第八團、第九團。調第一團副團長孫繼直為第七團團長，駐云浮。蘇貢代替孫繼直為第一團副團長。蘇貢脾氣暴躁，而韋汝驄是名聲在外的人物，蘇貢在其面前必然不敢造次。
李耀漢為第八團團長，第二團副團長徐少文調任第八團副團長，進駐江門；龍靚光代替出任第二團副團長。
第九團暫時找不到合適人選，吳紹霆不得不從參謀部調任下去。斟酌之后，他讓許海英出任第九團團長，副團長暫時空缺，進駐肇慶。炮兵營營長則臨時提拔許廣為見習營長，暫時留在東校場。
新編第三師師部暫時未能組建，吳紹霆實在是找不到合適和信任的人擔任師長，只好由軍部直轄。
六月中旬，廣州革命政府官員集體應孫中山之邀，北上前往南京任職。同一天南京臨時政府正式任命吳紹霆為廣東都督，由其負責組建新一屆的廣東軍政府。
吳紹霆在胡漢民上船北去的當天下午，下令關閉華麗輝煌的政府會館，將政府會館歸還給當初捐贈的華僑商人。這一舉在廣州引起了一陣熱議，褒貶皆有，不過很快就淡忘下去了。新都督府設置在兩廣總督府舊址，廣州參議院依然留在昔日的將軍府。
新都督的上任必然要組建新的政府班子，吳紹霆改軍事部制度為軍事聯席會議制度，他坐在了都督的位置，當然不會讓任何人接替自己的舊職。軍事聯席會議設六個主席，分別由革命粵軍三個師師長、參謀部正副參謀長以及參議院副參議長出任；次席若干，由師部、團部、參謀部高階軍官出席。
聯席會議制度只是虛設，兵權自然只能由一個人來掌管。
新政府仿效臨時政府的內閣分部，暫時擬定為八個部門。
海軍部部長由廣東水師部隊公選，推舉“楚泰”號艦長高廣征為部長，“廣庚”號艦長任光宇為次長。教育部部長為未曾跟隨胡漢民北上南京的朱執信，次長為陳少白；新聞部部長莫紀彭，次長鄒魯；財政部長依舊是李煜堂，次長為資產階級代表張潮安；商務部長張直，次長許雪秋；交通部長為舊官僚代表許汀芳，次長為君憲派代表鄭澤生；政務部部長為昔日縣府李文本，次長是另外一縣縣府趙慶新；司法部暫缺。
此外，馬錦春為軍政府通訊室主任，昔日水師提督李準為海軍部顧問以及廣東海軍學堂籌備處總長，原二十三鎮標統李文范任軍官處次長兼任黃埔軍校高級教官顧問，原二十三標統譚正衢為軍事聯席會議議長兼廣東警察學校籌備處總長。
除了馬錦春之外，其他這些迫于形勢而屈服的將領吳紹霆并沒有完全信任，可是這些人不能放，也不能殺。他們都是有一定威望的人，放走之后會成為心頭之患，殺了又勢必引起很多舊部的不滿。索性安排一些閑散卻又實干的職銜給他們，讓他們發揮余熱。
吳紹霆正式宣誓就任廣東軍政府都督之后，頒布了一系列的新政，大力鼓勵中小企業、手工業、輕工業；制訂農業社會保障政策，通過每年將政府多余稅款做為農村津貼的方式，即不得罪地主、資產階級，又起到了扶助中下貧農的作用。均衡各項稅收和支出，適當投入資金發展教育和科技事業。
他宣布張盛霆公司成為政府企業，以類似二十一世紀國營企業的方式，通過掌控煙草、鹽業、軍工產業、能源企業等，創造更多的財政收入。可以預測這些企業未來五年內的稅收比重將占全廣東稅收的三分之一，所有政府企業的收入嚴格按照二八分成，政府抽取百分之八十的利潤列入財政收入。
他可不會像二十一世紀的天朝上國，讓人民的央企成為魚肉人民的工具。（會被螃蟹嗎）
雖然新政頒布才不久，并沒有立刻見到效果，然而通過新聞部有效的宣傳，以及資產階級的大力支持，吳紹霆很快成為全省各界人民的新希望。不得不說，這些政策只要能夠貫穿執行，廣東的未來一片光明。尤其是在農商兩業的扶持，甚至可謂是具有劃時代的意義，五千年來農民默默付出總算看到了回頭錢，即便還沒有拿到手也感到心中溫暖，畢竟新上任的都督是記掛著他們的。
六月二十二日，由張直和李煜堂牽線，吳紹霆在都督府會議室邀請了廣東省幾家私人銀莊的老板和股東進行會商，吳紹霆將以張盛霆公司的名義出資入股這些銀莊，并必定合眾為一，成立廣東聯合銀行。他知道這些銀莊有不少是百年老字號，不但實力雄厚，而且帶有濃烈的家族榮譽，不會輕易改名易主。在會議上他直接向諸位老板開誠布公，統一聯合的官辦銀行勢必會在廣東出現，如果私人銀行不肯改組，那就意味著要與官辦銀行發生血戰，倒頭來兩敗俱傷。他之所以召開這次會議，是希望尋找一個共贏的方案，官商合作，避免沒必要的血拼，反而能更進一步。
經過兩天的討論，銀莊老板們在張直、李煜堂等人的勸說下，權衡利益，最終只能選擇合作共贏。他們對吳紹霆這種會商的方式取得合作很敬佩，這表示吳紹霆不是一個以公謀私、獨斷專行的軍閥，是一個真正為廣東發展著想的領袖。民不與官斗是五千年的鐵律，吳紹霆如果要對付他們，只怕略調兵馬就能搶走銀莊所有的錢。
商務部與各個銀莊協調了七八天，于七月一日正式掛牌成立廣東聯合銀行。銀莊麾下的分店改為辦事處或儲蓄所，為了提高全省通存通兌的效率，吳紹霆還專門與銀行共同出資，假設了銀行專用電報線路，每個縣至少有一個辦事處安裝電報機。這樣一來，以前需要幾個月時間核對一次通賬，現在三、五天就能解決了。