大戰爭的結束，圣陽帝國干預新月帝國的局勢，偷雞不成蝕把米，元氣大傷，短時間內也沒辦法動兵，而新月帝國連年戰亂，百廢待興的狀態，也使得新月帝國無力對圣陽帝國發動報復。
日月大陸進入到了一場短暫的和平時期。
曦靈登臨帝位之后，便展現出了一個明君圣主應有的姿態，她讓這個國家恢復生產，休養生息，重賞有功之臣等等。
而因為武魂殿幫助她復國的緣故，她允許了武魂殿在新月帝國境內各城市建立武魂殿分殿，并且允許武魂殿獲取新月帝國文獻館的魂導器技術。
而半毀的摘星樓圖紙則作為禮物送給了樓高。
曦靈封比比東為新月帝師，而十六夜秋她們則被封為新月帝國榮譽貴族的稱號。
戰爭的結束，日月大陸的大陸魂師協會龍擎天迫不及待的上門，邀請安月等人參與這場神都遺跡的探索。
參與神都遺跡的探索，總共有三方勢力，一方是黑龍宗為代表的大陸魂師協會，另一方則是邪魔森林當中的七十五萬年魂獸，邪眼暴君主宰，而剩下的一方則是安月，比比東，洛清綺三人。
想要找回曙光女神和皎月女神傳承的曦靈也參加了這場行動。
神都遺跡位于日月大陸中央地帶，圣陽帝國和新月帝國的交界處。這里被迷幻之霧所覆蓋著用任何的力量去探索這片區域都十分的艱難。
在神都遺跡內部，有兩個入口，一個入口是帶著日月神印的入口，另一個入口則是一個三角結界！
他們首先采取的進入方式是由曦靈去打開日月神印的入口，曦靈額頭的神印與入口的神印契合之后，空間之門打開，曦靈被吞了進去，然后其他人想要進去卻被阻隔在外面了。
無奈，龍擎天他們只能選擇另一個方式進入到遺跡當中，安月，邪眼暴君主宰，龍擎天三人分別來到了三角結界的任何一個角落里，三人催動魂力，轟開了入口，然后三方進入到遺跡的結界當中。
遺跡內部充斥著破碎神種所形成的混沌，行走在這片空間當中，走錯一步，便被遺跡內部的混沌空間所影響。
哪怕是強者，稍有不慎，也會被混沌所吞噬。
龍擎天和邪眼暴君主宰的目標是遺跡的神種，而比比東她們則先要找到曦靈，因此三方就此分開了！
另一邊，曦靈進入到日月神殿當中，得知了自己武魂蕾歐娜與塞蕾娜的來歷，她們并不是斗羅大陸本身的神，她們是來自域外的神，她們互相排斥，互相敵對，然而，卻被神都遺跡的墜落所影響，兩人被神都遺跡卷入其中，因神力強大而無法掙脫其中的束縛，隨著神都遺跡一同墜落到這座大陸之上。
為了重獲自由，兩人將自己本身的力量轉化為了這座日月神殿，以武魂的形式打開了神都通往外界的大門，而她們則與曦靈融合，轉化為了曦靈的武魂。
重回這里的曦靈接收了曙光與皎月兩大女神的意志，在日輪祭壇接受了曙光女神的神考傳承，在月輪祭壇接受了皎月女神的神考傳承。
遺跡內部，規則破碎，重力規則，生死規則等等，都顯得混亂了許多，破碎的空間規則可以讓你往前踏出一步，便不知道你出現在什么地方，而破碎的重力規則，可以讓你時而感覺站在大地上，時而重力倒轉，倒下。
但是這些規則的紊亂，比比東都通過了天基之眼，定位了安月和洛清漪她們，三方保持著聯系。
洛清漪很幸運的在一處舞者神殿當中找到了一枚神種，二級神舞神種，神種雖然破碎，但也給了洛清漪提供了一個成神的可能。
比比東在進入到暗影神殿當中的時候也找到了暗影之神的神種，完整的神種被供奉在神殿當中，這一期間，來自大陸魂師協會的副會長也在與比比東爭奪這枚神種，他被比比東所殺。
最終，比比東與洛清漪最終匯合，兩人來到了時空神殿當中，透過時間神光所映射出來的過去的畫面，神都遺跡的一切向比比東揭示了。
原來，這是一個破碎的神界，并不屬于斗羅大陸的神界，這里的統治者正是時空神王，這里曾經爆發過一場神戰，這場神戰導致了這個神界諸神的黃昏，連時空神王都沒能幸免，時空神王的神種破碎之后，化為規則之力守護者這片遺跡。
遺跡最終墜落在了這片世界，時空規則極為可怕，但是所防御的對手卻是神級以上的人，哪怕是斗羅神界的神，也不敢輕易的接近這里，就有神被這道神力所吞噬，永封在神都遺跡當中。
極限斗羅成為了能進入這個遺跡的最強戰力。
而與此同時，龍擎天也在不斷的空間跳躍當中抵達了時空主神殿，他并沒有多少收獲。
時空神王雖然死了，但是主神神殿依舊履行著他的義務，啟動了防御的機制，以咫尺空間的形式封鎖了比比東她們的退路。
并且告訴這些入侵者，你們只有死到最后一人，才能離開這個咫尺空間。
與此同時，神殿當中的守護者也殺了出來，在空間神殿當中進行了一場大混戰。
龍擎天安月比比東她們只能先解決守護者，然后在內部互相殺伐起來，在解決守護者的同時，龍擎天趁著安月不備的情況下偷襲安月，卻被比比東使用悲傷魔女阻擋了下來，比比東讓安月解決守護者，而她來解決龍擎天。
龍擎天并不知道比比東的第二魂技的秘密，最終，黑暗圣龍被比比東越來越強大的終焉魔女所扼殺。
安月也解決掉了神殿的守護者，但是主神殿最難的地方在于，只有一個人活下來，才能離開咫尺空間。
安月要通過自裁來讓比比東活著離開這片空間，但是不想犧牲安月的比比東只能選擇了可選的另一個辦法！
她讓安月守著，自己則進入到神考當中，與第六層魔神試煉場的BOSS鏡像虛空**戰，最終取得勝利，解鎖了第六魂技，空間魔女，魂力等級也在不斷的積累當中突破了極限的境界。
回到神殿當中，比比東帶著安月使用空間魔女的能力轉移出了主神殿。
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