對于那些化人的魂獸，魂獸殿會對他們進行教化，幫助他們褪去獸性，并且掌握人類世界的規則和為人的法則，防止他們作奸犯科，直到他們通過考核，便可以正式進入人類社會，和常人一起生活。
而對于那些繼續選擇獸身的萬年魂獸，則繼續呆在各大魂獸森林，并且由魂獸殿管轄，同時可以擔任執事的職位，幫助魂獸殿管理萬獸，維持秩序，并且防止有的未開化的魂獸不小心進入人類社會。
而如果能夠修為達到十萬年，十萬年的魂獸在魂獸殿中便可以算的上長老，地位更加崇高，同時因為可以化形人類，也可以進入人類社會，只要遵守制度。
當然，由于萬年魂獸到十萬年魂獸需要修煉太久，很多魂獸都不愿意等待，寧愿在萬年修為時便化為人形，擺脫魂獸的身份，加入人類社會，這也防止了魂獸一族因為長生而壓制人族，可以維持兩者的和平共生。
同時呢，魂獸殿也會負責魂獸一族和人類一族的交易，星斗大森林中有著很多人類需要的寶物，而那些獲得了靈智的千年魂獸萬年魂獸也很愿意使用人類制造的一些魂導器和吃加工過的美味食物，所以人類和魂獸之間便可以通過魂獸殿進行交易。
這里，魂獸殿和武魂殿還專門聯合，研發了一種虛擬網絡（等同于斗四的那種），只要是千年魂獸，都可以登入虛擬網絡并且暫時獲得虛擬的人身，并且在虛擬網絡之中與人類進行交易，用自己所擁有的資源換取所需要的人類的物資。
其余的，比如說舉行魂獸中的“全大陸百年千年萬年魂獸大賽”，并且發放獎勵；狩獵那些邪惡的魂獸；以及有組織的利用森林種植一些人類需要的作物以便交易，也都是魂獸殿做的事情，而因為魂獸殿的存在，無論是陸地魂獸還是海魂獸，都有了秩序，有了初步的文明，并且有了和人類真正的和平。