在上一部電影里，伯恩就曾經對康克林說過，他要隱退，如果CIA不放棄追蹤他的話，他就一定不會讓對方好過。現在，伯恩不僅受到了襲擊，還喪失了一生的摯愛——瑪麗，他當然要找那些人討個說法，當然，是用自己的方式。
瑪麗的死，從另一個角度看，解放了伯恩，也激活了伯恩，讓伯恩在這個世界上不再有牽掛，也給了伯恩一個清晰的目標——復仇。伯恩就這樣，像一條孤狼那樣踏上了復仇的旅程。
另一條線，帕梅拉•蘭蒂從CIA局長那里要到了權限，查閱了“絆腳石”計劃的檔案，也順著指紋的線索查到了伯恩那里。顯然，她把伯恩視為了自己的對手，她要追捕伯恩，從他手中拿到原本要交易的情報。為此，她還與“絆腳石”計劃的原負責人——埃德•艾伯特產生了不小的矛盾。
朱麗安•摩爾和杰夫•布里奇斯的表演，當然能夠撐得起場面來，兩人的對話也充滿了戲劇的張力，不會讓人覺得沉悶無聊。
現在電影克里爾的那條線暫時隱去，主要就是帕梅拉•蘭蒂和埃德•艾伯特兩人要抓捕伯恩的這條線，和伯恩打算向現在主管“絆腳石”計劃（他還不知道計劃已經終止）的人復仇兩條線交替進行。
伯恩采取打草驚蛇的策略，用杰森•伯恩這個護照，進入意大利的那不勒斯，因為這個名字已經被列入了黑名單，所以他很快就被美國領事館的武官內文斯盤問。領事館得到了消息，CIA特工也得到了伯恩進入那不勒斯的消息，他們立刻給內文斯打電話確認。
面對內文斯的盤問，伯恩原本一言不發，直到CIA電話確認之后，他立刻暴起發難，幾個干凈利落的動作，就將內文斯和房間內的敬畏擊暈。他用極快的速度，復制了內文斯的SIM卡，以便可以竊聽他的電話，并且拿走了他的車鑰匙。
接到手下的匯報，帕梅拉立刻和內文斯通了電話，內文斯在聽到手機鈴聲之后，本就沒有被伯恩施重手的他很快醒了過來。通過竊聽他的電話，伯恩也得到了許多重要信息，首先他知道了負責追捕自己的女人名叫帕梅拉•蘭蒂，并且得到了她的電話號碼；其次，他知道了自己貌似卷入了柏林殺人事件；最后，他知道帕梅拉•蘭蒂不久之后要去柏林。
“真是聰明！”動作片迷阿貝德為伯恩的手段擊節贊嘆，“我就喜歡伯恩這種可操作性、可復制性極高的手段，他不是無腦的肌肉莽漢，而是一直頭腦冷靜的特工。”
“哇，伯恩真的是太酷了。”寶拉也早就擦干了淚水，變得重新興奮了起來，她就喜歡看到伯恩做這些酷酷的事情，最好狠狠教訓那些壞蛋一頓，呃，帕梅拉有些無辜，但艾伯特是個混蛋，瑪麗的死實在讓她太郁悶了。
在從意大利趕往德國的路上，那些無數個夜晚折磨過他的夢魘，再次在伯恩的大腦中出現，只是畫面更加清晰了些。“士兵，這次不是訓練。士兵，這次不是訓練……”康克林的聲音不斷在他的腦海中回想，還有女人的尖叫聲，含混不清的耳語聲……
這一切，都在告訴著觀眾，這部電影依然會像是第一部那樣，有著等待觀眾去解的謎團，有著困擾著伯恩的心理困境。電影的內核，絕不單單是復仇這么簡單。像西婭這樣敏銳的觀眾，已經有了一定的猜測，當年的那樁任務，也一定和瑪麗的死有關，一定和柏林與莫斯科有關，也與帕梅拉•蘭蒂主持的情報交易有關。只有這樣，才能將三條故事線合并在一起。
《諜影重重2》的劇情有序地推進：在阿姆斯特丹的妮琪也被帕梅拉找到了，她向帕梅拉介紹了杰森•伯恩的情況，她和丹尼•佐恩一起，被叫到了柏林，為抓捕伯恩提供幫助。
到了柏林之后，帕梅拉等人調閱了伯恩在那不勒斯的錄像，發現了伯恩使用自己的護照，并且沒有躲避攝像頭的拍攝，其他人都在說伯恩是在犯錯誤，妮琪卻堅定地告訴他們：“這不是錯誤，他們從不犯錯，他們不會隨意行事，尤其是伯恩，總有一個目標。這是他的打草驚蛇之計。”
肯尼斯•圖蘭滿意地點了點頭，這小段的臺詞可是有著幾重作用，第一重作用就是給帕梅拉等人再次介紹伯恩的能力，引起她的重視；第二重作用就是討好觀眾，說他們心中的英雄好話，總是不錯的；第三重作用就是指點那些不那么敏銳的觀眾，揭示之前伯恩行為的目的；還有一重作用就是展示出妮琪對于伯恩的欣賞與了解。
一個好的劇本，就是要做到劇情前后呼應、環環相扣，每個部分都有著明確的作用，并且有著多重作用，這既能讓那些不敏銳的觀眾容易理解劇情，也會讓對劇情走向敏銳的觀眾產生會心一笑的感覺，有一種解謎正確的快感。
情節又轉回伯恩的故事線，他來到了德國的慕尼黑，開始接觸一位“絆腳石”計劃的前殺手，正是為觀眾服務的劇中小高•潮。
連姆•尼森飾演的前殺手，就像妮琪說的，從不犯錯，在進門之前，他就發現不對，但卻裝作一副若無其事的樣子。他裝作從冰箱里拿東西，卻從里邊拿出了一把手槍，猛然轉身，和伯恩互相用槍指著對方。
“子彈被我拿掉了。”伯恩面無表情地說道，又印證了他們永不犯錯的話。“怪不得我覺得輕了。”連姆•尼森微笑著放下了槍。
“這種斗智斗勇真的讓我著迷！”阿貝德的眼睛又瞪大了，《諜影重重》系列，最精彩的就是杰森和殺手們對敵時表現。寶拉和西婭也都興奮了起來，杰森的對手們總是非常有魅力，但杰森總能讓觀眾認識到，他才是最強大的那個。
他們目不轉睛地盯著大銀幕：從兩人的對話里，伯恩得知了康克林的死訊，得知了兩人是剩下的最后兩位殺手，而對方不知道為何CIA還要追捕伯恩，也不知道帕梅拉•蘭蒂是誰，更不知道柏林發生了什么事情。
即使是身處劣勢，“絆腳石”殺手也沒有放棄反擊，他不僅在事前就通知了CIA，而且還利用電話鈴響，伯恩分心的時候襲擊了他。電話鈴一直響著，兩人就用那種直接高效的方式做著生死搏斗，隨著快速切換的鏡頭而顯得酷勁十足，馬特•達蒙用卷起的雜志，和連姆•尼森的刀具搏斗，更是充滿了創意。
最后，杰森•伯恩在干掉了殺手之后，更是打開了瓦斯，將雜志插進了通電了的烤面包機里，制造了一場大爆炸，順利地解決了CIA派出的援兵。
“酷，真是太酷了！這就是我為什么喜歡杰森•伯恩的原因！這就是我為什么喜歡《諜影重重》系列的原因！不僅是因為這部電影里的打斗漂亮，不僅是因為電影顯得很真實，而是它總能把日常的物品變成致命的武器，上演一場大腦風暴！”阿貝德已經陷入了狂熱的狀態了，“連姆•尼森太酷了！馬特•達蒙太酷了！馬克•庫恩太酷了！”
不僅是動作片迷阿貝德，像寶拉這樣的伯恩粉們，普通影迷們，也都看得心跳加速，大呼過癮。杰森•伯恩的故事線與CIA的故事線開始交匯，兩者的暗斗正式開始，而這更像是一場伯恩的個人秀，不是CIA的特工不強，只是他們遇到了神一樣的對手。
毫無后援，孤身一人來到柏林，伯恩先用電話黃頁查到了帕梅拉居住的酒店，又用電話占線的方式查到了她的房間號，通過觀察找出了她這個人，又通過跟蹤，發現了追捕小組所在的位置。而帕梅拉那個追捕小組，幾乎有著無限的資源，但追捕伯恩的工作卻是毫無進展。
當帕梅拉向手下布置抓捕任務時，伯恩已經來到了她對面的大樓上，架好了狙擊槍，用給她打電話的方式，再次確認了她的身份。還是那句話，不是帕梅拉不強，只是她遇到了神一樣的對手。
兩人雖然沒有直接交手，但是在無聲的交鋒中，她已經被伯恩打得落花流水，觀眾們再一次懂得了“伯恩的霸權”的含義，當伯恩火力全開時，沒有一個人是他的對手，無論這個人是“絆腳石”計劃的前殺手，還是CIA的女強人主管。這怎能不讓觀眾們在心中爽得飛起？
幸運的是，在通話過程中，伯恩確認“絆腳石”計劃已經停止，再次意識到了整個事件的蹊蹺，同時發現了老熟人妮琪也在這里，他通過帕梅拉的電話，約妮琪在世界鐘下邊見面。伯恩想要通過這次見面發現事件的真相，帕梅拉也想要通過這次見面抓捕伯恩。