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孫策奪取了南鄭，控制了漢中腹地。由于漢中的地形復雜，主要以各個關口為主要的防御點，加上腹地道路通暢，糧草都控制在后方。奪得了漢中腹地，孫策便間接控制了各個關口的命脈，以此為憑仗，孫策立刻將他的2大軍分散出去，沒話費多少時間，便接替了漢中各個關口的控制權。
同時在中央政權方面，孫策秉持他對楊松的承諾，將楊松提拔為了僅次于別駕徐庶的祭酒，同時開始剝離漢中政教合一的體系，促使政教分離。倚仗漢中大族之助，迅速控制漢中的政權。
但是孫策并未貿然將漢中地區的五斗米教鏟除，而是承認了他們的合法地位，對其教義也不插手，以此作為換取剝奪此地宗教上的政治權利的籌碼。
孫策的行為雖然使得漢中地區的道教政治權利大為降低，不過卻未傷漢中的宗教根本，加上孫策實力強大，教派高層幾乎都在孫策的監視之下。五斗米教主事人商議過后，默認了孫策對漢中的統治地位，漢中的權利交替引起的亂局持續十余日之后，在還未成型前，便慢慢消退下去。
為了漢中地區的長治久安，孫策又聽取徐庶的建議，勸說張魯復出，主持安撫民眾，做孫策手下的戶曹從事。
為了祖孫三代建立的宗教體系的流傳，張魯幾經思考，同意了孫策的拉攏，答應出仕孫策。同樣張魯從孫策的官員加封一事上，知道了孫策軍突然出現在漢中腹地的原因，對出賣他的楊家恨之入骨。
張魯的再度出仕，給漢中的教民吃下了一顆定心丸，漢中的事態平息速遞極快，孫策這才有功夫去考慮如何應對劉瑁的威脅。
孫策軍按照王令在一月左右奪取了漢中，出乎劉瑁的預料。他本來以為孫策軍此去只會與張魯兩敗俱傷，然后因糧草補給不濟而最終全軍覆沒，可如今的形勢真是太過詭異了。
對于孫策奪取了漢中一事，劉瑁雖說異常的吃驚，但相對于吃驚，他還是知道輕重。一直以來，劉瑁對孫策就沒放心過。這次欲加害于他，沒想到他卻立下了大功。劉瑁隨便一想，就知道不能放任孫策在漢中立足，須轉變策略，采用吳懿之策，架空孫策。
于是劉瑁立刻派遣了黃門，攜帶表封孫策為五城亭侯，并讓孫策班師回朝的詔書，前去漢中，意圖讓孫策接受詔書旨意，從漢中回來。同時劉瑁還令劍閣的吳蘭迅速率軍入漢中，接替孫策的權利，將漢中一地從孫策手中奪回來。
劉瑁的動作倒是快，可惜孫策出發前就已經有了反心，哪里會在意劉瑁的詔書。等劉瑁的傳旨人到了南鄭，考慮到漢中勢態不容樂觀，時間緊迫，需要一定的消化時間，孫策便令人將之嚴加看管，裝作沒有接到命令的樣子，以此拖延時日。
同樣白水關新上任的守將韓當見到了前來接替孫策之權的吳蘭，卻打著并未接到詔書的借口，就是不放吳蘭入白水關。
韓當的理由很正當，吳蘭接到的軍令很緊急，又沒有詔書在身，根本無法證明。而且他吳蘭手下軍將不過3人，攻打白水關一事簡直就是妄想，沒有辦法之下，吳蘭在白水關下被白白諒了數日，只得揮兵回劍閣。
十數天不見北方的傳旨黃門傳回消息，而白水關一地的孫策軍又言稱沒有接到詔書，劉瑁心中大怒，又發了一道詔書去漢中。
此次傳旨的黃門剛到漢中，孫策就知道自己無法再以相同的借口拖延時日，加上漢中局面由于張魯出仕逐漸穩定下來，孫策便將傳詔黃門抓了起來，與先前的黃門一起，押到南鄭中心街口，然后孫策當即揭破劉瑁的密謀，聲稱不愿遭受劉瑁謀害，斬殺二人之后，宣布脫離劉瑁自立。
3月下旬，劉瑁兩次北上傳旨的黃門人頭與孫策的宣戰文書，還有他自己的表封詔書被一同送回了成都。
北方事變，消息送達，為了處理孫策反叛一事，同樣為了報孫策的侮辱之恨，劉瑁特意召集了手下的重要大臣。當著所有人的面，劉瑁將裝在盒子里用石灰炮制過的人頭，還有刺眼的鮮血所寫的宣戰文書，當庭展示，然后宣布孫策為****，要舉全國之力共討。劉瑁的貿然決定沒有得到支持，反被勸阻了下來。
除此之外，劉瑁還著令巴西郡的太守龐義率兵捉拿孫策家人，準備移其族，以解心頭之恨。可惜，孫策早已作好準備，奪下漢中之后，早先一步得到消息的孫家人幾乎都已經逃出了蜀地，進入了漢中境內，讓龐義撲了個空。
沒有拿住孫策的家人，劉瑁大為失望，可一想到孫策家人是跑了，但他的舊部還有很多留在益州，于是劉瑁又加強了對孫策舊部的監視。
好在傳回的消息讓劉瑁好受了一點，孫策的舊部對于孫策反叛一事幾乎都不敢相信，一個個義憤填膺，認為孫策反復有辱先父之民。孫策因造反導致人心背離，算是對劉瑁的一點點安慰。
出兵沒有得到支持，以家人相逼又錯失了良機，劉瑁很憤怒。想到他身為大漢皇帝，除了益州重臣之外，還有外部的盟友，劉瑁決定采取外交手段，從政治大局上，壓迫孫策，讓他不好過。
劉瑁命北方名義上歸屬劉瑁的韓遂部，下詔聲稱孫策犯上作亂，表封韓遂為車騎將軍，讓韓遂率軍從陰平攻打孫策。然后又派人聯絡荊州劉表，言孫策之危害，雙方簽訂秘密的停戰協定，一起力主清除孫策。同時劉瑁又封鎖漢中入蜀的各條主要道口，企圖采取封鎖之策處理孫策。
可惜此時韓遂與馬騰因為地盤爭奪，早就打出了真火，對劉瑁這個偽帝的詔令根本不屑一顧。而劉表此時哪有心情率兵從上庸郡去觸孫策的霉頭，他巴不得劉瑁與孫策二人拼個兩敗俱傷，從而從中漁利。
劉瑁的聯動計劃提醒了身處于漢中的孫策。新掌一地，根基薄弱，孫策當即按照徐庶之言，向各個方向派出使節。
北方，連結身在長安的李傕、郭氾、張濟三人，與三人結盟，簽訂互補侵犯條約。西面又秘密派遣使節前去聯絡韓遂，雙方簽訂停戰協定。只有東面的劉表一處，孫策并未做安排。
雙方不斷在周邊做外交事宜。直至4月初，劉瑁發現自己所做的外交策略沒有起到一丁點的作用，再一次提起了出兵一事。
劉瑁復議出兵，益州內部的阻力小了很多。大家都知道孫策反叛對益州影響很大，必須做一些事情來消除影響。先前不同意劉瑁的出兵之策，就是因為糧草物資與兵員集結都沒有完成。而今經過近一個月的調兵遣將，先期的出兵準備已經完成。議事三日，吳懿等人便決定出兵漢中，攻擊反賊孫策。
此次出兵攻打孫策，劉瑁聽取了吳懿的建議，采取兩面進攻的辦法。一條從劍南蜀道進漢中，以雷銅為主帥，吳蘭為副帥，率軍15人，北上進攻漢中咽喉白水關。
另一條走新開發的從南江北上的米倉道，以西川名將張任為主帥，棄暗投明的李異為副帥，率15人，從廣漢郡入巴西郡，直攻漢中腹地。
益州兵員其實并不多，孫策帶走2，之后剩下的不過5之數，這次攻伐孫策算得上是起全國之力了。再一次失去了3人，一時間，整個益州腹地只剩下了2的兵馬。
劉瑁出兵，孫策知道自己無法躲避，只得在漢中迅速整軍備戰，準備與劉瑁一決死戰。c
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