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隨著片頭公映許可證，以及制作公司的名單名單播出，接下來，電影出現了字體燃燒的片名《fate/doomsday》，此外還有一行小字——第六次圣杯戰爭！
很多觀眾由于了解此前的第五次圣杯戰爭的劇情，不由感覺到熱血沸騰。
接下來，電影開頭出現了第四次圣杯戰爭的參與者韋伯維爾維特和第五次圣杯戰爭的參與者衛宮士郎和遠坂凜、間桐櫻等人。
電影畫面中，回顧了圣杯戰爭的歷史，以及歷次圣杯戰爭的破壞。
這些背景資料的介紹，主要是讓沒有看過前作，也不太了解《fate》設定的觀眾，可以不需要補上一部電影，就可以無障礙的看新劇情。
“從第三次圣杯戰爭開始，大圣杯已經被污染了。圣杯戰爭給這個世界帶來了太多的災難，它并不能夠實現善意的愿望！我建議，將大圣杯解體吧！”第四次圣杯戰爭的幸存者之一韋伯維爾維特向圣杯創始者御三家繼承者建議道。
“同意！大圣杯早就被污染，而且，即使沒有被污染，也只會吸引越來越多的野心家，不會給世界和世人帶來幸福，只會帶來災難！”衛宮士郎點頭表示。
“同意，士郎能夠代表我的意見！”此時的遠坂凜，雖然是遠坂家的家主，但另外一個身份卻是衛宮士郎的太太。
暗戀衛宮士郎的間桐櫻，也代表了間桐家表示：“贊同！”
“好，既然大家都同意，那么，我們就開始分解大圣杯吧！”韋伯維爾維特年輕的時候，是一個很懦弱和膽小的人。但參與第四次的圣杯戰爭，其強勢的英靈大帝和他并肩作戰的經歷，改變了他的性格。其后幾十年，通過不斷的努力。韋伯維爾維特不僅僅繼承家業成為了貴族，另外，他也成為了地位備受尊崇的強大魔術師，雖然，沒有成為魔法使，但也能力和知識絕對不容輕視。
接下來，在三位參與過第五次圣杯戰爭的御主的幫助下，這位前輩韋伯維爾維特開始念誦復雜的咒語。發動大圣杯解體的咒語。
四人共同念誦不同段的咒文，接下來，巨大的圣杯實體開始升空浮現。
“解體吧，大圣杯！”韋伯維爾維特喝到。
接下來，巨大的圣杯開始迅速的崩壞，化作虛無。現場原本組成圣杯的魔術建筑和材料，也紛紛摧毀。
眾人懷著愿望，摧毀了大圣杯，希望冬木市能恢復寧靜。
但是，另外一批野心家。并不甘心大圣杯被摧毀，反而開始決心復興大圣杯。這個野心家們既是魔術協會。無數的魔術師，或者是希望獲得永生。或者是希望直接抵達根源，升華成為魔術師的終極目標——魔法使。這些目標實現的概率，對于絕大多數人來說幾乎是接近于0。但是，卻可以通過大圣杯許愿的方式，走這條捷徑，完成自己的夢想。
這自然讓大圣杯成為了無數魔術師的夢想！
在大圣杯解體之后，來自于魔術協會，以及圣堂教會等等不同勢力的野心家們開始勾結，一起聯絡。共商恢復大圣杯，與此同時。繼續采用圣杯戰爭的方式，獲得對大圣杯許愿的權利。
而在解體了大圣杯之后。衛宮士郎游歷世界，開始多管閑事，到處懲強扶弱，但實際上，很多被救者都將他當成傻子，恩將仇報不計其數，也幸虧他成為了強大的魔術師，并且擁有阿瓦隆的劍鞘，可以恢復傷勢，常規的受傷，幾乎并不會對他造成影響，否則，他英雄之旅，肯定會成為花樣作死之旅。
遠坂凜則是前去英國時鐘塔深造學習，盡管身為人妻，但她還是非常好學，對于魔術知識是孜孜不倦，也擁有成為魔法使的夢想。
在大圣杯被破壞不久，反派間桐臟硯出現，這些年假死，身體化身成為蟲子的間桐臟硯，身體從一堆蟲子中重組成人形。
接下來，間桐臟硯向接見魔術協會的一些代表，向他們介紹大圣杯的歷史和構建，在間桐臟硯這個怪物的介紹下，幾名強大的魔術師迅速的上鉤，開始成為幫兇，幫助他重建大圣杯。
在遠坂凜和衛宮士郎不知情的情況下，間桐臟硯等人開始恢復了大圣杯，并且，啟動了第六次圣杯戰爭！
間桐櫻知曉老怪物臟硯現身，試圖阻止他的陰謀。
間桐櫻早就不是吳下阿蒙，原本被圣杯碎片改造成隱藏的小圣杯的間桐櫻，在第五次圣杯戰爭的黑泥污染下，間桐櫻擁有不亞于老怪物臟硯的力量。
但是，老怪物間桐臟硯利用間桐櫻的心理弱點，告訴她，如果間桐櫻加入他的計劃中，以她強大的力量，必然會成為圣杯的勝利者。屆時，作為勝利者，間桐櫻可以許愿，讓衛宮士郎改變心意，甩掉遠坂凜，跟櫻在一起。
這這個勸說，讓本來就有點黑化的櫻還是加入了反派聯盟中。
但這一次圣杯戰爭也出了更大的狀況，早期的圣杯戰爭主要是阿賴耶側的英靈之間進行圣杯戰爭。阿賴耶是人類意識構成的抑制力，從無到有，隨著人類的崛起，越來越成為凌駕于神靈之上的存在。
而更古老的抑制力之一蓋亞，則是通過根源去預測，發現了隨著人類崛起，她遲早會被毀滅。各種各樣的地球毀滅，以及摧毀蓋亞抑制力的死法。這讓蓋亞不由的恐懼人類，從而發動了毀滅人類的行動。
借助大圣杯的修復，第六次圣杯戰爭由于蓋亞的干涉，變得面目全非。召喚出來的再也不是人類為主的英靈，而是傳說中的人類天敵——喪尸、吸血鬼、惡魔、巨龍、靈長類殺手等等非人類存在。
所以，第六次圣杯戰爭一開始就是失控的，這些魔術師召喚出來的東西，都是蓋亞意識干涉，前來毀滅人類的怪物。
作為最古老的抑制力，蓋亞本身就是地球的意識，按照正常的規則，任何一種地球上的生物，威脅到她自身生存，蓋亞自然會發動清理。簡單說，蓋亞判斷出人類威脅了星球生存，因此，才能夠行使自己的權利——清理人類！即使不能把人類全部消滅，也至少將數量消滅到可控范圍內，人類文明自然也必須要全部摧毀，讓人類進入原始狀態，這樣就不再能威脅蓋亞自身的生存了。
只不過，人類跟其他生物不同，隨著人類的發展和壯大，居然誕生了另外一大抑制力阿賴耶。阿賴耶是人類共同意識組成的抑制力，平時并不能夠干涉世界，一旦遇到了威脅人類生存的事物，阿賴耶則可以進行干涉。
按照型月世界的設定，正是阿賴耶和蓋亞形成了一個微妙的平衡，所以，本該被星球清理掉的人類，居然發展到現在這個程度。人類對蓋亞來說，如同是威脅生命和健康的病毒，這個病毒現在一名覆蓋了星球表面，而且，人類對于星球內部、海洋還是非常感興趣，正是因為人類的破壞力，讓蓋亞忍無可忍，下定決定借助第六次圣杯戰爭清理掉這些她身體上的病毒和細菌。(未完待續。)