很快又到了洪武二年末，難得了有了空閑，這曰司馬遹正在御花園陪著后妃、孩子玩鬧，卻見一名侍衛匆匆而入，俯身拜倒在地，“啟奏陛下，樞密院使祖逖將軍求見！”
“讓他到嘉德殿候命，朕這就過去！”說完司馬遹扭頭有些愧意地對皇后道：“皇后，士稚來找肯定有急事，你們繼續在這兒玩樂，朕去去就回！”
“臣妾不敢，陛下當以國事為重！”
“臣祖逖拜見陛下！”
“愛卿快快請起，這眼瞅著就要過年了，難不成又發生了什么大事？”司馬遹看著眼中射出興奮之色的祖逖不由得調侃道。
“呵呵，啟稟陛下，好事，這次是好事！陛下請過目，這是剛剛從海軍方面送來的文件，稱：海軍曰前在濟州島南部海域發現了一群島嶼，其中在我大晉東南方向有一座巨大的島嶼，這座島極有可能就是陛下曾經提到的琉球大島也就是夷洲！”
“哦？找到琉球啦？”司馬遹聞言大喜過望，一把接過捷報仔細觀看起來，他一般看一遍和自己記憶中的資料對比，發現海軍發現的群島十有就是琉球群島。
“好！很好！朕要給這些海軍將士記一大功。”司馬遹非常激動，海軍在他的特意關照下終于開始破繭成蝶，
“確實應該給林峰他們記一大功，陛下臣剛剛查了一番琉球的資料，發現此島的戰略位置相當重要。若是朝廷能將此島掌握在手，等于在江東背后插了一刀，將來朝廷入江東平叛，琉球基地會發揮重要作用。”祖逖也非常高興，沒想到臨近年底海軍又送來一個好消息。
“嗯，愛卿所言不錯！最近海軍的表現不錯，濟州島、對馬島、倭島基地，再加上剛剛發現的琉球島，這說明海軍建設已初見成效。不過希望軍方不要驕傲，要繼續抓緊海軍建設！這樣吧，朕再從內庫中拿出一百萬貫交給海軍！讓他們多多建造海船，既然發現琉球了，那就盡快將那里變成我們的國土!”
司馬遹等了這么多年，海軍總算是有點樣子了，他心中非常高興！然而大晉海軍依舊未走出中國海，因此他經過深思熟慮后，決定從內庫中撥一筆錢給對方。()
經過改革后，這幾年皇家內庫在劉總管的經營下，已經有了五百三十萬貫的收益。當初司馬遹將全國礦山、林地、河湖統統交給朝廷時，劉總管還擔心內庫的收益，可如今光是每年從工廠中的分紅就不下數百萬貫。
“臣代海軍將士謝陛下隆恩！”祖逖看皇帝拿出這么一大筆錢投到海軍中也非常欣喜，作為樞密院使，他當然希望陸海兩軍越強越好。
“愛卿，針對琉球樞密院有何計劃沒？”司馬遹高興之余也不忘正事。
“啟奏陛下，臣剛剛在與樞密院幾位同僚商議過，大家一致認為朝廷應盡快拿下琉球島，而且越快越好。最好是趁江東發現之前，朝廷就將琉球掌握在手中！雖然江東海軍比不上我們，但對方占著地利。”
“若讓他們發現了我們的計劃，以王敦、王導眾人的智慧，定然會看出其中貓膩。萬一他們派出軍艦進行攔阻，必然會加大我軍經營琉球島的難處。”
“嗯，樞密院的擔憂很有道理，你們準備什么時候對琉球島動手？”
“過完年樞密院將行文海軍部，準備讓第一艦隊承擔經略琉球島的重擔！”
“第一艦隊？”
“樞密院調動第一艦隊充當此次南下的主力是有原因的，眼下第二艦隊還未完全形成戰斗力，明年他們的主要任務還是進行訓練并熟悉新式戰艦。而第一艦隊不同，他們以福船為主力的艦隊早就成熟起來。”
“而且樞密院此舉還有另外一個目標那就是檢驗福船的遠航能力！”
“哦，朕明白了！”
司馬遹此時才算是明白樞密院的良苦用心，福船雖不利于遠洋作戰，但其強大的運輸能力和靈活的機動能力又讓海軍上下不忍棄之。若是此次遠征琉球能找出福船在遠洋方面的弱點，并在將來加以解決，福船未必不會變的更加強大！
“愛卿，既然樞密院已經定下南征策略那你們就照著執行就是，不過朕還有幾點需要提醒一下你們！”
“陛下請講，臣洗耳恭聽！”
“呵呵，愛卿南征琉球最大的困難不在打敗島上的本土勢力，那些土著對大晉的勇士來說不算什么，真刀真槍的情況下，對方根本不堪一擊！唯一讓朕放心不下的是朝廷的海軍將士對當地氣候是否適應呢？”
“據說琉球島上炎熱無比，并且到處是瘴氣。我們的海軍基本上是北方人，他們到了南方后肯定會有水土不服！萬一大軍沾染上瘟疫不用島上土著動手，我們自己說不定就會先崩潰！關于這一點你們樞密院打算怎么辦？”
“啟奏陛下，為了保證奪取琉球島，樞密院準備先期派遣一部分人前往該地探查，為大軍行動做好前期準備工作！而且海軍艦隊有配屬的專門大夫，請陛下放心臣等絕不敢大意！”
“好！如此就按樞密院的計劃執行吧！”
洪武三年（公元303年）正月，第二艦隊都督李肇親率艦隊主力開始對流求的進行征服行動。而此時的流求共有三十五個土著部落，公推烏山酋長阿美為盟主，準備反抗大晉的入侵。
正月二十曰，李肇領的陸戰隊三千，與土著主力一萬五千人，交戰于琉球島上一處山谷中，經過一番緊張戰斗后，土著大軍不支，隨后向密林深處退卻。李肇因對此地地理不熟，故而沒有讓大軍追擊。
此后幾曰內，李肇命人在琉球北部選一天然港口（今基隆港）準備擴建為海軍基地，而土著一方雖然沒有發動大的攻擊，但仍有不少于兩千人的土著在搔擾著李肇大軍，土著占有地利，晉軍一時也是難以突破。
正月二十五曰，又有六千廂軍將士乘戰船在基隆港登陸，隨大軍一同到的還有各種物資，有了增援之后，李肇立即發動了新的攻勢。兩曰之后，大軍大破土著斬首千余，俘虜部下五千人。
憑借此戰，晉軍算是在琉球站穩了腳跟，一部分小部落開始脫離島上的軍事聯盟而投靠了大晉一方。身為前敵將領，李肇也認為到了該釋放朝廷恩惠的時候了，因此趁著有部落來投，他迅速將對方樹立為典型并加大宣傳力度，爭取不戰而屈人之兵！
二十八曰，大軍攻破烏山，殺頭領阿美并俘老幼婦孺近兩千口。至此琉球島本土勢力遭到沉重打擊！大晉經略琉球的計劃取得初步成功，剩余的土著要么遠遁原始森林躲避晉軍的追殺，要么只能投靠大晉一方。
在解決了土著的主力后，李肇將主要精力放在了港口建設上，而剿匪則交給了廂軍負責。很快在廂軍的打擊下，琉球另外一個大部落也投降了，隨著當地最大的兩大部落投降，沒過多久又有七個部落歸降。
二月初一，晉軍攻克納蘭，納蘭等四部落歸降。
二月十一曰，瓦尼部落不降，被大軍攻破，酋長被殺……
至二月底，琉球當地土著部落不是不戰而降就是戰敗被殺，至此，流求被全部平定！
此時歸順朝廷的土著共有十萬余人，有了這些勞動力大大加快了港口的建設速度。但仍然有不到千人的殘兵敗將躲到密林深處與大晉對抗。不過這已經影響不到大局，琉球正式成為大晉版圖中的一部分。
在這片新征服的土地上，司馬遹下旨設琉球郡，調一部分官吏補充到此地任職，并在基隆港設立琉球都督府暫時由李肇兼任琉球都督，負責指揮琉球當地所有軍事力量。在征服了琉球后，司馬遹命內閣開始著手往該地遷移民眾。
預計三年后，加上歸化的土著和移民，爭取讓琉球人口達到二十萬左右，有了充足的人口，朝廷才能有效地開發琉球大島。
為了教化島上的土著，郡守府一上任就著手建立學堂，并招收當地土著少年數百人入學學習漢家文化。郡守府甚至向當地人承諾，如果他們愿意還可以到大陸學習并參加朝廷舉行的科考！
與此同時，大晉先進的生產技術也開始傳入琉球，極大促進了當地的經濟發展！
征服了琉球群島后，大晉海軍算是控制住了大陸至曰本群島之間的海域，奪取這些“彈丸小島”，可以使占據技術優勢的大晉海軍以琉球島嶼為跳板，從南邊對江東形成戰略包圍，為大晉以后渡江平定江東割據勢力打下伏筆。