朱由檢不顧群臣的反對，還是正式降旨，將投獻到皇莊名下的一半土地罰沒，并追繳十年漏繳的田賦。
圣旨一下，天下震動。尤其是皇莊比較集中的北直隸八府，也是投獻的重災區，那些靠著投獻大肆偷稅者，很多都是像王至發這樣擁有良田千頃以上的大地主。這回可好，直接攔腰砍掉半扇，這些家伙無不捶胸頓足，心疼得要死！
可是“要死”總比真死要強。朱由檢這道圣旨可不是說說就算了，而是讓吏部、戶部聯合派員到各府督辦，并由都察院、秘書處和錦衣衛監督。
都察院的御史還好說，那些錦衣衛可都是朱由檢的心腹。他們有不少都是秦兵的老底子，沒參加過科舉，官場上的人情世故一概不懂，地方上的人更是一個也不認識，走到哪都是一張黑臉，想找他們講情無異于是自投羅網。
至于秘書處，更是此次督辦的核心環節。本來秘書處只在紫禁城內協助皇帝辦公，是不會干涉朝政的。但此次出事的是皇莊，算是皇帝的私產，朱由檢自然可以正大光明地讓秘書處來辦理。
他有意鍛煉一下梅蘭竹菊四姐妹，便讓她們每人負責兩府，與部員和地方官員一起辦公。工作主要有三項，一是把所有罰沒土地的地契交割清楚，二是重新安置皇莊的原有人員，三是搜集以前的管莊太監受賄及各種違法犯罪行為的證據。
有秘書處和錦衣衛跟著，就算有人想搗鬼也搗不成了。圣旨上寫得明白：投獻偷稅乃是欺君之罪，本應重處，罰沒一半已經算是寬大處理了，若還有人妄圖作弊蒙混過關，一經查實，罪加一等，不但要沒收全部投獻土地，相關人等一律交刑部從重議處。
欺君之罪本來就已經是死罪了，罪加一等，那可就要凌遲或是滅族了，誰敢冒這個風險？其實朱由檢也不過是危言聳聽，嚇唬嚇唬那些膽大妄為的地主而已，他早想明文廢除凌遲及株連等殘酷刑罰了，只是現在時機還不成熟。
以此為契機，朱由檢終于開始了他謀劃已久的“土地改革”的第一步。
早在穿越之前，朱由檢就大概知道，歷史上明亡清興，主要有四大原因。穿越之后，尤其是登基之后，他就看得更清楚了。
政治方面，明代統治階級極度腐朽，為了爭權奪利，皇帝、官員集團、宦官集團三股勢力之間斗爭極其激烈，東林黨和閹黨之爭更是將這種斗爭發展到了頂峰。國力在這種斗爭中白白消耗，無法形成合力對抗外敵。
經濟方面，在世界上已經掀起資本主義浪潮、江南富庶地區也出現了資本主義萌芽的情況下，大部分地主沒有意識到時代正在發生深刻的變化，仍然死抱著土地不放。更由于貪得無厭，大量兼并土地、偷逃賦稅，導致農民生活無著、朝廷無錢可用，甚至出現了一個人口上億的泱泱大國，到最后山窮水盡、連救命的餉銀都拿不出來的可笑局面。
軍事方面，明軍一方面過度依賴尚不成熟的火器，另一方面衛所制度的弊端導致士兵戰斗力低下，根本無法與弓馬嫻熟的滿清騎兵抗衡。再加上流賊紛起，明軍陷于兩面作戰，兵力又嚴重不足，滅亡已不可避免，只是時間早晚的問題。
其他方面，明朝也很倒霉，正好趕上“小冰河”時期，糧食大量減產，旱災蝗災不斷，鼠疫、天花等惡性傳染病肆虐。這多方面的因素綜合在一起，明朝就是想不亡也難！
而朱由檢要做的是改變歷史，那就必須先破后立。政治、軍事都是依存于經濟的，所以最重要的改革就是經濟改革，否則一切改革都是空中樓閣。而現階段經濟改革的中心，自然是土地改革了。
為什么要進行土地改革？道理也很簡單，在這個時代，占人口絕大多數的農民是依存于土地的。農民失去了土地，或者土地的產出不足以維持生存，那他們就只剩兩條路，一是餓死，二是造反。
而大明現在的土地狀況，已經到了極度危險、非改不可的地步，因為經過二百多年的兼并，大部分土地已經高度集中在少數地主手中。朱由檢在陜西做藩王時，已對這種狀況有了直觀的認識；登基以后，每天批閱各地奏章，發現其他地方的情況更加觸目驚心。正如顧炎武在一篇奏章中所提到的：“吳民之中，有田者什一，為人佃作者什九！”
而地主對佃戶當然是想盡辦法剝削，最主要的手段就是地租。與田賦相比，地租可就太高了，最低者也在五成以上，最多的甚至達到**成。年景好的時候，佃戶還勉強可以糊口；一旦年景不好，佃戶連飯都吃不上，惟有去逃荒，或者干脆“不講理”地去“吃大戶”，流賊就是在這種背景下產生的。
朱由檢之所以選擇皇莊和投獻問題做為改革的第一步，自然也是經過了深思熟慮。現在不是二十世紀，用“打土豪分田地”的方法解決土地問題顯然既不可能，也不現實。畢竟這個帝國的絕大多數資源還掌握在地主階級手中，要想挽救中華民族眼見的滅頂之災，還得依靠他們，讓這些資源能夠順利地整合運用。如果自己真那么干了，這個皇帝一天也做不成，后面的一切也就無從談起了。
而且朱由檢的思路并不是簡單地給農民土地。因為即使分給農民土地，他還是個農民，仍然得土里刨食。而現在工業時代即將來臨，這么做早晚還是得被歷史所拋棄。
而地主兼并土地，雖然在主觀上是為了滿足自己的貪欲，但是在客觀上，卻制造出了一大批無法依附土地生存的勞動力。有了這些勞動力，規模化的工業才成為可能。否則，人人都有田可種，吃喝不愁，那誰還去工廠做工呢？
換句話說，土地就像一條鎖鏈，把農民牢牢地鎖住。而朱由檢現在要做的，正是打碎這條鎖鏈！
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