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秦兵和白桿兵聯軍施巧計誘敵深入，在五峰山大破水西叛軍。叛酋安邦彥和奢崇明當場殞命，五萬多叛軍陣亡二萬，被俘二萬多，只有數千人因為尚未進入伏擊圈而僥幸逃脫。
接下來秦兵乘勝追擊，而叛軍群龍無首，無心戀戰，直接放棄畢節向東遁走，秦兵遂順利收復畢節。
三天之后，朝廷接到秦兵的飛鴿傳書，自是一片歡欣鼓舞。自從萬歷末年在薩爾滸慘敗，明軍就好像丟了魂一般，潰敗、慘敗已成家常便飯。此次西南叛亂，有不少官員從內心里已經覺得貴州恐怕要和遼東一樣，朝廷將永遠失去對那里的控制。
沒想到皇帝只派出一萬軍隊，僅僅用了兩個多月時間，就在重慶、成都、永寧、畢節連戰連捷，殲滅叛軍主力，陣斬賊酋，西南叛亂已經接近平定！一時之間，對皇帝的贊譽之聲鵲起，即使是平常總與朱由檢對著干的那些東林系官員，也紛紛發自內心地上疏頌圣，并請求朱由檢對領兵作戰的李定國和李來亨大加封賞。
朱由檢當然也非常高興。當初他決意先對西南用兵，遭到很多大臣的反對，認為西南叛軍不如后金和流賊對朝廷的威脅更大。如果朱由檢當時沒有堅持己見，恐怕成都、貴陽等地如今已經陷落，連帶著云南也失去聯系，對本已危機四伏的大明帝國而言，豈不是火上澆油！現在西南已經基本平定，朱由檢就可以專心致志地對付后金和流賊了。畢竟，兩個敵人總是比三個敵人要好對付一些。
不過他可沒功夫慶祝，因為有很多現實問題還需要解決。首先，貴州尚未完全平定，還有不少殘余土兵分布在崇山峻嶺之中；其次，兵災過后民不聊生，如何安撫當地百姓，是一個比平定叛亂更為棘手的問題；第三，也是朱由檢一直揪心的，就是秦兵必須立即班師。因為自從得知后金軍大敗林丹汗后，朱由檢就明白，皇太極的進犯已經是迫在眉睫了。
對于貴州殘敵，很多官員主張李定國和李來亨繼續追剿。在正常情況下確實應該如此，因為秦兵挾大勝之威，又有對叛軍豐富的作戰經驗，理應一鼓作氣，將叛軍徹底消滅。
但朱由檢考慮再三，還是決定立即把秦兵調回。這么做理由有三：第一，叛軍主力已被消滅，安邦彥和奢崇明已死，剩下的只是蝦兵蟹將，不會再興起太大風浪。而要把他們徹底剿滅，就必須在貴州的崇山峻嶺中層層推進，至少也需要一年以上的時間。而后金入寇在即，朱由檢不能把這樣一支精銳部隊，浪費在這種無關緊要的戰場上。
第二，秦兵雖然驍勇善戰，然而兩個多月以來轉戰數千里，幾乎每天都在急行軍，多次戰斗中也減員了一千多人，必須立即休整，否則就會累垮。
尤其讓朱由檢感到焦慮的是，李定國與一些秦兵感染上了瘧疾！做為一個穿越之人，朱由檢當然知道瘧疾的厲害。這是一種通過蚊蟲叮咬傳播的惡性傳染病，本身這種忽冷忽熱的癥狀已經讓人非常痛苦，反復發作后還會導致貧血，最終致人死亡。在沒有抗生素的這個時代，如果愛將李定國被這種可惡的傳染病擊倒、甚至失去生命，無疑是朱由檢的重大損失，所以必須讓他馬上返回京師，先把病治好了再說。
第三，則是朱由檢對貴州、四川等地土司的深層思索。毫無疑問，叛軍都是彝族等少數民族，他們參與了叛亂，但罪魁禍首是安邦彥和奢崇明，其余大多是被蒙蔽和裹挾。現在這兩個人已經死了，如果把永寧和水西叛軍斬草除根，固然也是一法；但彝人也是大明子民，官軍又不是女真人、蒙古人那樣的野獸軍隊，不可能實行全族屠殺政策。
如此一來，就會在彝人心中埋下深深的仇恨。雖然這次叛亂被鎮壓下去，可是幾年、十幾年以后，當這些被殺叛軍的后代漸漸長大，他們會不會在仇恨的驅使下再次叛亂？
所以朱由檢決定攻心為上。他公開降詔，并立即給重慶、成都、畢節等地飛鴿傳書，做出以下決定：一，將消極避戰的四川巡撫劉漢儒革職，成都知府朱燮元暫時署理四川，陳天工則暫時署理重慶府。二人要盡快恢復當地秩序，讓逃難的百姓返回家鄉，必要時可與接管蜀王府的錦衣衛商議，暫借蜀王府中糧餉賑濟災民。陳天工還要扼守住奉節，嚴防流賊從峽江道突入四川。
二，前任貴州巡撫王三善遇害后，貴州巡撫一直空缺。朱由檢在畢節設畢節府，一方面是為“改土歸流”做鋪墊，另一方面也破格提拔傅宗龍為正四品畢節知府，給了他一個合適的身份。然后讓傅宗龍暫時署理貴州。
而軍事方面，令秦良玉率白桿兵駐于畢節。對于水西殘敵，暫時不予追剿，而是給他們三個月的時間投降。只要能主動投降，除了犯有濫殺、奸銀婦女等重罪者外，一律既往不咎，仍可為民。如果過了限定時間仍不投降，則由白桿兵堅決予以剿滅。
三，四川、貴州因為兵災，不但免除一年的所有賦役，朱由檢還從內帑銀中撥出一百萬兩，專門用于賑濟災民、恢復生產、重建家園。
四，對于各土司溫言撫慰，包括起兵叛亂的永寧土司與水西土司。將叛亂之罪歸于安邦彥和奢崇明二人，不株連其家人，更不遷怒于彝族百姓。對戰死的叛軍妥善安葬，其家人如果生活困難，亦可由畢節知府酌情賑濟。
五，秦兵立即班師。因為也沒有別的路好走，只能原路返回。朱由檢在圣旨中特意吩咐，一定要對李定國等身患瘧疾的將士精心照料，其余將士也要嚴防蚊蟲叮咬，并且也借著這道圣旨告訴天下百姓：瘧疾是由蚊蟲叮咬傳播的，所以一定要注意防蚊滅蚊。
如果一切順利的話，秦兵一個月之內就可以返回京師了。但是朱由檢總覺得有些心驚肉跳，種種蛛絲馬跡顯示，近期可能又要有驚天動地的大事發生！