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若昂萬沒想到朱由檢給他挖了個大大的坑，第一件事就是索要澳門的主權。但說出去的話又沒法收回，既然同意了朱由檢提出的“和平共處五項原則”，就不能不尊重大明對澳門的主權。
再想到葡萄牙與大明合作的廣闊前景，若昂一咬牙一狠心，也只得與朱由檢簽署書面協議，上書：“如果葡萄牙王國恢復獨立，將承認大明帝國對澳門的主權，澳門現有葡人之居留權、經商權等問題容后再議。葡萄牙布拉干薩公爵若昂、大明帝國秦王朱由檢。”
當然，這第一個條約的簽署，也同時確立了另一件事，那就是中國對葡萄牙的稱呼不再是“佛朗機”，而是按照葡萄牙語Portuguesa的音譯，正式改稱“葡萄牙”。其實“佛朗機”本是阿拉伯人對歐洲的泛稱，即對“法蘭克”（Frank）一詞的轉讀。中國人不了解西方世界，以訛傳訛，把所有歐洲人都稱為“佛朗機人”，實乃大謬，朱由檢當然要予以糾正。
第一個回合就被朱由檢索回了澳門的主權，雖然只是字面上的東西，現在還無法落實，若昂還是感到落了下風。為了爭取主動，他立即提出了歐洲人最常見、但也是屢屢被拒絕的要求：請求大明開放通商口岸。
孰料朱由檢卻一口答應，許諾只要確保葡萄牙商人遵守大明帝國的法律和規定，服從市舶司的監管，在不遠的將來，中國將至少開放五處通商口岸，允許葡萄牙人自由出入貿易。
這一點在當時顯然是離經叛道的，因為大明立國之后不久，即開始執行閉關鎖國的政策，企圖用隔絕中外往來的方式，減少外來文明對中華文明的沖擊。這一鎖就是幾百年，直到鴉片戰爭，西方人用堅船利炮打開的中國的大門。事實證明，閉關鎖國是極其愚蠢的鴕鳥政策，不但不能抵御外面的沖擊，反而自廢武功，讓中國在妄自尊大中落后于世界。
所以朱由檢早就下定決心要改變這種政策，轉以開放的態度面對世界。五口通商只是開始，以后早晚還要實現全方位的開放。至于受到西方文明的沖擊，朱由檢并不害怕。因為文明的交流與融合是不可避免的，誰更先進，誰就能輸出自己的文明。唐宋時期，中國實行的就是開放政策，可恰恰是在那段時期，中華文明在世界上確立了自己的巔峰地位。中華泱泱五千年文明，絕不會因為開放口岸自由通商而消失，這一點朱由檢有著強大的信心。
若昂也沒想到這么痛快地同意了自己的要求，在大喜的同時也有些懊悔，覺得朱由檢關心的只是主權問題，自己還可以提出更高的價碼。于是他又提出：希望大明可以給葡萄牙商人免除關稅的待遇。
沒想到這次朱由檢堅決予以拒絕，并聲明關稅權即是國家主權的一部分，絕對不會放棄。但是朱由檢也做出了一些讓步，同意自合約正式生效后，十年之內葡萄牙商人予以免稅，十年之后再依情勢而定。不過朱由檢也提出了附加條件，那就是葡萄牙要給予大明同樣的待遇，如果大明的商船到葡萄牙本土或其在亞、非、新大陸的領地貿易，要同樣予以免稅。
若昂沉思片刻，立即滿口答應。他的算盤打得很精，心想自己的談判對手還是比較重“名”，大明現在哪有能遠洋貿易的商船？因此所謂相同待遇，其實就是單邊待遇。十年的免稅，已經能給葡萄牙帶來巨大的收益，要知道這個時代的關稅動輒都在商品價格的兩倍甚至數倍以上，如能完全免稅，利潤之驚人可想而知。
其實朱由檢早看透了若昂的心思。在他看來，大明現在確實沒有遠洋商隊，但并不代表以后一直沒有。現在未雨綢繆在條約中做出規定，就省卻了日后的麻煩。到時候，恐怕就不是西方沖擊中國，而是中國沖擊西方了，就像二十一世紀，中國成為“世界工廠”時一樣。
接下來，雙方又對具體商品進行了商談。若昂希望能以低廉的價格購進茶葉、瓷器、絲綢等中國傳統商品，而向中國出口工藝品、葡萄酒等昂貴的商品，并且要求保持順差。
朱由檢聽了微微一笑道：“公爵閣下，以低廉的價格出口商品，這我可以做到；但是您想憑借工藝品、葡萄酒這樣的商品保持順差，恐怕不大可能，因為中國的老百姓不需要這些東西。”
若昂臉色微紅，這一點他也清楚得很，歐洲的商品在中國根本就賣不動，所以在貿易中連年逆差，導致大量白銀流入中國，這當然是以牟利為最根本目的的西方人所不愿意見到的。他沉吟片刻便笑道：“那么，中國是否需要黑人？黑人身強力壯，頭腦簡單，很容易被馴服，既可做勞力，又是優秀的戰士。如果殿下需要，我國可以大量地販賣。貴國不是正在和北方蠻族作戰么？正好可以讓他們上戰場，怎么樣？”
朱由檢當即正色道：“對不起，別的貿易都可以做，惟獨奴隸和鴉片絕對不能碰，這不符合我們中國人做人的原則！如果貴國試圖向大明走私黑奴和鴉片，所有條約全部作廢，大明將視貴國為敵國！”
若昂見朱由檢動怒，頓覺十分尷尬，也覺得自己失了面子，不禁沉下了臉，談判桌上的氣氛驟然緊張起來。把馬爾蒂尼急得滿頭大汗，他的目的是傳教，如果這兩位談崩了，那他的教也就傳不成了。
還是朱由檢先打破了沉默，微微一笑道：“公爵閣下不必急躁，你想保持順差，沒問題，不過我們需要的是另外的商品。”
“什么商品？”若昂的眼神又亮了起來。
“大炮，海船，還有工匠！”朱由檢目光炯炯地道，“如果貴國能提供這些我們急需的商品和人員，別說是順差，像茶葉和瓷器之類的商品，我白送你都行！”