王允也不計較利害關系，他懷疑張讓與黃巾軍私通，便進一步追查，把其中的具體細節全部揭發出來，并且寫成奏折上奏皇帝。漢靈帝大驚，立即召張讓進宮，怒氣沖沖地指責張讓，并要他交待實際情況。張讓一向在朝中自以為是，指手畫腳，也沒想到有誰敢在皇上面前揭露他，因此見到王允的奏章后嚇得半死，急忙叩頭謝罪。可張讓是何等狡詐圓滑的人物，他在回答皇帝時，不僅不承認自己的罪行，反而說王允忌妒陷害他，說自己對陛下，對朝廷是如何如何忠心耿耿，沒有絲毫與黃巾軍私通和背叛朝廷之意。靈帝本就有意偏袒張讓，加上被張讓的花言巧語所迷惑，自認為他無罪，也便不再追究。
張讓脫罪后，對王允心懷忿恨，一心想伺機打擊報復王允。第二年，張讓終于找到一個借口，將王允逮捕下獄。不久，正好趕上朝廷大赦，王允免罪釋放，還復刺史原職。可是，睚眥必報的張讓并沒就此罷休，沒出十天，他又以另一個“莫須有”的罪名將王允治罪，王允再度入獄。
司徒楊賜素知王允的為人和品性，知道張讓是有意想置王允于死地，為了替王允開罪，讓他免受痛苦和屈辱，楊賜派手下人勸告王允說：“你因事得罪宦官張讓，一月之內，兩次下獄，很明顯他是有意和你過不去。如今你是兇多吉少，性命都難保。為了成就自己的志向，你又何必不先退讓一下，忍一忍呢？大丈夫能屈能伸，如果只一味好強，恐怕他不會放過你，請你仔細思量思量吧！”
王允手下的從事也對王允的再次入獄深感憂慮，他們想方設法營救王允。有一名好斗氣的下屬去獄中探望王允時，痛哭流涕，勸王允向張讓認錯賠罪，求他網開一面，被王允怒斥拒絕。下屬找來一杯酒，氣憤地對王允說：“你既然如此保全自己，不如喝下這杯毒酒算了，又何必還在獄中受別人的折磨呢？”
可是，出乎下屬的意料，王允一把奪過酒杯，厲聲說道：“我是堂堂天子的臣民，君王賜罪于我，我應當接受懲罰，按照王法在街頭斬首示眾，而且天下人都應以我為戒，不再違反法律，維護社會的安定，哪有私自吞喝毒藥，以死逃避法律制裁的道理？你們不用再勸我了，我意已決!”說完，便把酒潑倒在地上，自己走近囚車，又重新被關進監獄。
由于王允一直又沒有向張讓賠罪認錯，張讓又進一步渲染他的所謂的罪行情節。不久，王允的案件被提審，王允的手下官員和朋友以及朝中許多官員都十分著急，想制止張讓對王允的陷害。大將軍何進、太尉袁隗，司徒楊賜聯名向皇帝上書，替王允求情，希望皇上能夠赦免王允。他們在奏章中寫道：王允嚴于律己，寬以待人，為官盡忠盡誠，寬宏賢能，具有君子的風范和氣節。過去晉悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效嗎？如此王允受命于朝廷，誅討逆賊，安撫良民，本應論功行賞，加官進爵；難道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪嗎？陛下如此不公平地給予他處罰，恐怕有負眾望，百官有所不服吧。”
靈帝劉宏看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下獄重新定罪。這年冬天，又逢朝廷大赦。由于張讓始終從中作梗，王允仍不在赦免之列。何進、袁隗、楊賜等三公要員繼續上書皇上，要求赦免王允。等到第二年，王允才被免罪釋放。當時，朝中宦官當權，張讓閹黨憑借權勢橫行霸道，為所欲為。剛剛出獄的王允雖對張讓等人的行徑深惡痛絕，但因力量有限，只得改名換姓，離開都城洛陽，輾轉于河內、陳留之間。
不久靈帝駕崩，王允急忙趕赴洛陽吊喪。此時，朝廷局勢極度混亂，以何進為首的外戚勢力大增，閹黨張讓失去了對中央政權的控制權，面臨覆滅的危險。大將軍何進利用各地方官吏奔喪的機會，大肆結交和拉攏親己勢力，以謀張讓。王允一到洛陽，就被何進緊急召見，并說明意圖。
王允很感激何進對他的救命之恩，便滿口答應，并擔任從事從郎一職。后來情況發生急變，張讓集結黨羽，用何太后召見何進的名義把何進騙入宮中，趁機伏殺。王允不得不遷任河南尹，暫時逃避張讓的囂張氣焰。張讓伏殺何進后，曾奉密召的董卓、袁術等人立即領兵進京，討殺張讓。張讓、段掛等人挾持少帝劉辯和陳留王劉協半夜出逃。當時，朝中公卿大夫被急變的局勢嚇得不知所措，他們都不敢護衛少帝。王允立即派遣一部分士兵跟隨尚書盧植一起保護少帝，事后，又奉迎少帝回宮。
公元189年（永漢元年），董卓廢掉少帝，獻帝劉協繼位，王允被拜為太仆，不久遷任尚書令。公元190年（初平元年），王允替代楊彪擔任司徒職務，同時兼任尚書令。而楊彪則轉任太尉一職。作為位列三公的司徒，王允的權力應該是很大的，但自從董卓入主以來他這司徒之職實際上是被架空了，丞相之職完全歸于董卓，雖然如此王允的在朝中的影響力仍然很大，當即他出面既得到了一大批朝中大臣的擁護。
董卓這次加冕受到了朝中很多大臣的反對，而且這些大臣皆是位高權重的重量級人物，董卓雖然把控軍政大權，擅行殺伐大權，不過這么多大臣一致出來反對，董卓就不能妄動了，畢竟人太多了，總不能把滿朝的大臣全都殺光吧？何況這些大臣在朝中還是有些相當的影響力的。
李儒給董卓打了個圓場讓他很風光的下了臺，這不僅是圓場更是李儒將眾大臣的一軍，怎么講呢？李儒見朝中反對的聲音太多遂轉向天子那邊也就是利用獻帝對眾大臣施壓，眾大臣多是忠臣，對天子的決定百依百順，所以只要獻帝下了詔諭，即使是不對的，他們也不好反駁，所以只要利用這一點就能逼眾大臣就范，李儒正是摸透了這一點遂在朝堂之上說了這個決定，他這個決定其實是以退為進，當下滿朝的文物大臣都知獻帝不過是董卓的一傀儡罷了...................
李儒找到董卓謂董卓道：“主公如想如愿必須請天子出面當眾矯詔承認主公的媚王稱號，天子如果承認了，我想眾大臣便不能再反對了，如有反對者當即格殺勿論便有了殺之的借口，借口就是不聽天子號令！”
董卓聞后大喜很快便將這個計劃提上了日程，只不過這次議題的地點由溫明殿換成了南宮的宣德殿，這宣德殿自古就是皇帝與眾大臣議事的地方，眾大臣奉旨前來議事，卻見漢獻帝端坐在大殿正中央的正位之上，董卓掣劍利于一旁，董卓下面便是他的女婿李儒也，眾大臣見狀一種不祥的預感頓時涌上心頭：看來董卓這次的用意很明顯老調重彈還是加冕之事，不過這次他搬出了獻帝就不知道該如何收場了，但來者不善，這里的空氣很快變得凝重起來，諸大臣的臉上也隨著變得嚴峻起來。
李儒見眾大臣紛紛到來，首先出列道：“陛下！前番關東軍起兵30萬攻打洛陽，結果在太師的英明果斷指揮下，眾將士奮勇向前擊退了關東軍，讓亂臣賊子們付出了沉重代價，殲敵近20萬人，太師神勇至極，居功至偉，為大漢的江山社稷保駕護航，臣建議給這一仗出師的所有將領謀士加封進爵，封賞論功，尤其是董太師，為社稷披肝瀝膽、忠心耿耿、戰功卓著，臣建議封太師為郿王！。”
獻帝一聽這話不覺一愣，這分明是要挾寡人給董卓加封進爵么，劉協道：“諸位大臣以為如何？”
“不然！董賊欺君罔上、禍國殃民、專橫跋扈、欺君罔上有何德何能居然要封侯進位？理應午門外斬首示眾以謝天下！”說話者乃是尚書盧植也。
盧植話畢，滿朝文武無不驚駭，再看董卓氣的臉色鐵青，牙關咬碎，提劍出于眾前，對盧植怒道：“汝血口噴人，污蔑朝廷重臣，理應當斬！”
盧植怒發沖冠指董卓道：“董賊!汝濫殺無辜、禍國殃民、天理不容！”
董卓呵斥道：“來人啊！將這個逆臣賊子拖出去給我斬了！”
盧植聞后以手中簽筒向董卓砸去，董卓一閃躲了過去，侍衛們忙將盧植拖出去斬了。
原來這盧植對董卓早已不滿，一向以忠臣自居的他，恨不得將董卓碎尸萬段，前番董卓擅行廢立之事，只因自己身患疾病臥病在床未能出席，這次再次聞聽有人給董卓張目，盧植早已氣的七竅生煙，頓時火往上涌，自古“忠孝不能兩全”，他盧植更是一個寧向直中曲不向曲中直，寧折不彎的這樣一個性格，當即便按耐不住，出列大罵董卓，他心中明白這樣做的后果，他早已將生死置之度外，但即便死了他也要死得其所這就是忠臣的勇氣...................(。