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明宗薨逝后，他的侄子被立為國王，是為宣祖，也就是李昖。明宗的王后仁順王后開始了垂簾聽政，為其弟沈義謙培養勢力。這引起了金孝元等另一股士林派強烈的不滿，他們千方百計地阻止沈義謙一派進入朝廷中樞。
前輩與后輩兩股士林派對峙的局面逐漸形成了，而真正促使這兩大勢力轉變為東人黨和西人黨的政治事件，就是“乙亥黨論”。由于金孝元住在漢城東部、沈義謙住在漢城西部，因此各自以他們兩人為中心，形成了東人黨（嶺南學派）和西人黨（畿湖學派）。
此后東人黨奉許曄為領袖，而西人黨奉樸淳為領袖，他們兩個與金孝元和沈義謙一樣，都是當年打倒尹元衡的士林派的骨干成員，也保持著相沖突的政見。
許曄依靠出使明朝的機會獲取了宗主國的大力支持，在朝廷里擔任司法機構的最高官職大司憲；而樸淳也歷任了左議政、右議政和領議政等朝廷最高官位。(
]李山海等人抓住了這個機會，向鄭澈和西人黨發起了攻擊。
李山海趁著鄭澈、尹斗壽等人提出信城君之前，先行提出立光海君為世子。偏向寵愛光海君的宣祖基本同意了李山海的建議。接著，李山海的兒子李慶全收買了仁嬪金氏的兄長金公諒，要他誣告鄭澈故意擁立信城君以達到擾亂和陷害王子的目的。
在東人黨不斷地施壓下，仁嬪金氏為了保護兒子信城君，只能棄車保帥，背叛了鄭澈和西人黨。
這樣一來，光海君被成功冊封為世子，而西人黨在朝廷中的勢力頃刻間被掃除了。
但是此時東人黨內部的矛盾也激化到了無可挽回的地步，以李山海為首的北人黨和以柳成龍為首的南人黨正式登場，東人黨就此分化為這兩大黨派。
李山海擔任過朝廷幾乎全部品級的官位，對于朝廷的政事、人事了如指掌，是東人黨后期的第一巨頭以及北人黨最強的領袖。
柳成龍也是擔任過朝廷絕大多數官職，是東人黨第二號人物與南人黨的第一巨頭。
當時，李山海擔任的是領議政的職務，柳成龍擔任的是左議政的職務，從名義上看柳成龍要聽李山海的，但如果朝廷的國策沒有右議政的支持，是很難落實的。李山海帶領他的北人黨堅持走強硬路線，柳成龍帶領他的南人黨堅持走穩健路線。朝廷的政治格局再次一分為二。
天正十九年（公元一五九一年），通信使黃允吉和金誠一回國了，他們帶來了日本即將侵略朝鮮的消息。然而朝廷里依然是政治斗爭不斷，再加上北方女真部落正在不斷統一強大，對朝鮮的威脅也越來越多。
次年，秀吉正式發布命令出征朝鮮，四日之內，朝鮮海防重鎮釜山、東萊、梁山等地相繼陷落。其余沿海守軍聞風而逃，朝鮮的海防線迅速崩潰。登陸僅十七日，日軍便兵不血刃地進入漢城。朝鮮朝廷逃到了開城。
此時，在柳成龍的彈劾下，北人黨首領李山海背上了誤國的罪名，從領議政的位置上被趕下來，而柳成龍，如愿以償地坐上了領議政的位置。
柳成龍先以死保薦了李舜臣、權慄等曾經抵抗過女真部落的名將，讓他們率領水陸大軍阻擋日本的進擊；其后，又保舉了禮曹參判兼大提學李德馨，讓他到前線去與日軍和談。
可惜，李德馨沒有延緩日軍侵略的步伐。日軍稍事整頓，繼續北進攻陷開城，朝鮮朝廷逃往平壤。
宣祖把責任全部推到了柳成龍的身上，在殘余北人黨和西人黨分子的彈壓之下，柳成龍引咎辭職，調任平安道觀察使，受命與金誠一組織義軍抵抗日本。
此時，西人黨的首領尹斗壽被暫時請出來當了一段時間的領議政。不久，平壤也失陷，臨海君被俘。
就這樣，僅兩個月零兩天，朝鮮三都盡失，宣祖在西人黨成員鄭琢的幫助下帶領朝廷眾臣逃到了北方邊境義州，派遣李德馨向明朝求救。
南人黨的柳成龍通過戰爭掌握了兵權，他雖然被下放到外職，但以招募義軍的能力取得了一定的兵權。
其次，朝鮮水軍名將李舜臣率領的艦隊多次襲擊了日本艦隊的補給線，立下了戰功，那么推薦李舜臣的柳成龍自然又取得了法寶。
其三，派往明朝去求援的李德馨也是南人黨的成員，隨后到來的明朝援軍也自然會站到柳成龍一邊。
就在李山海、柳成龍被迫下臺后，西人黨趁著尹斗壽當上領議政的機會企圖卷土重來，把原是東人黨的南人和北人一舉消滅。
明廷主戰氣氛高漲。明神宗命宋應昌為經略，總領抗倭事宜；急調陜西總兵李如松入遼，為東征提督，總體負責軍事。明朝從全國范圍調集了四萬精銳。這四萬軍隊在宋應昌和李如松的率領下，浩浩蕩蕩地跨過了鴨綠江，開進了朝鮮。
李德馨作為明朝軍隊的接見官，很快就與李如松達成了政治上合作的默契。心理上先入為主的明朝軍官們，很自然地開始在朝廷里支持起了南人黨的勢力。
此后，明軍依靠著火力上的優勢打敗了日軍，逼迫行長率軍逃往了漢城。
明軍的勝利大大助長了南人黨在朝廷當中的氣勢。李德馨等親明派的勢力一下子就壓倒了北人黨和西人黨。
在李如松等明朝將領的支持下，宣祖恢復了柳成龍的部分官職。
平壤之戰結束十天后，李如松就乘勝進軍，繼而收復開城。朝鮮三都八道，已收復平壤、開城二都及黃海、平安、京畿、江原、咸境等五道。
李如松和柳成龍的聯軍繼續向南開進，直迫漢城。雖然在之后的碧蹄館之戰中明軍遭到了失敗，但是隨后的龍山大戰，明軍奇襲日軍的糧倉，令日軍慘敗。
無奈之下，活動在朝鮮各地的日軍主力重新集結，死守漢城。至此，中朝聯軍與日軍進入了相持階段，而朝鮮半島上的軍事格局也趨于穩定。
反擊得手的李如松把他的勢力重新伸回到了朝鮮的朝廷上。這時，李舜臣在海戰中率領他的龜甲船艦隊取得了一次又一次的勝利，柳成龍率領的軍隊也立下了赫赫戰功。在李如松、李德馨等人的力保之下，宣祖再次任命柳成龍為領議政。南人黨的許多成員也大批得到提拔，南人黨的威勢再次邁向巔峰。
然而，南人黨的權勢并沒有一直持續下去。
明朝方面，由于朝中主和派的兵部尚書石星再次上臺，加上李如松沒有得到后續援軍，因此無法進一步打擊日軍；朝鮮方面，由于南人黨骨干成員金誠一的殉國以及北人黨和西人黨的勢力重新集結，主張穩健政策的柳成龍等官員也不希望戰事擴大。既然雙方都不想打，那么就有了和談的可能。
之后日軍全部撤離漢城，除全羅和慶尚二道部分沿海地區外，其余各地全部被收復。
此時新一輪的黨爭又開始了，首先是西人黨卷土重來，通過他們的多番活躍，令宣祖有了重新起用西人黨要員的想法，比如鄭澈就出乎意料地回到了朝廷。
宣祖決定派鄭澈作為謝恩使出使明朝，而西人黨正要抓住這個機會拉攏一下明朝。可是，面對西人黨的態勢，南人黨是不會坐視不理的。當鄭澈回國后，柳成龍等人就先后彈劾鄭澈。迫于壓力，鄭澈只好辭職，寓居江華島的松亭村，不久就去世了。
隨著文祿之役的結束，朝鮮進入了短暫的和平時期。而朝廷的政局在被南人黨掌控之后，也逐漸平穩。
認為大局已定的宣祖為了犒賞眾臣，提拔了大批的官員。在北人黨的多方努力下，北人黨首領李山海重返朝廷，出任領敦寧府事兼大提學。
為了能把南人黨給打倒，北人黨試圖抓住南人黨的根基予以沉重打擊。在明軍主力撤出朝鮮后，支撐南人黨的主要軍事力量就是屢立戰功的李舜臣領導的朝鮮水軍了。因此，要除掉柳成龍，首先就要先把李舜臣給除掉。
不過，李舜臣畢竟是有過極高戰功的功臣。當時朝鮮陸軍大潰退，只有李舜臣的水軍始終沒讓日軍占到絲毫便宜，并多次阻擊了日軍的后方運輸線。
為了能夠成功打倒李舜臣，北人黨拉攏了名將元均。元均與李舜臣之間，曾為了戰功產生過巨大的分歧，北人黨利用了這兩人的私人矛盾來削弱南人黨的力量。在北人黨的支持下，元均上疏誣陷李舜臣在戰時與日軍有過勾結。
恰巧在這時，行長也聞聽朝鮮內部對舜臣有所非議，于是在秀吉的授意下，派親信竄到慶尚道右兵使金應瑞大營，稱議和遲遲未定皆因清正從中作梗，并詐稱清正即將出海，請水軍在海上偷襲清正。
應瑞不敢耽擱，將情況上報，行長與清正不和，朝鮮人都知道，因此李昖便催促舜臣出兵，而舜臣卻懷疑敵人使詐，徘徊數日，遲遲不肯出海。
這時，行長又派人送信，稱清正已登岸，朝鮮卻不出水軍攔截，將罪責全都算到舜臣頭上。
雖說李昖不相信李舜臣通敵，但由于李山海控制了言路，使得形勢對李舜臣非常不利。
而就在這個時候，柳成龍考慮到大局初定，不想與北人黨產生大規模沖突，因此棄車保帥，沒有積極阻止北人黨彈劾李舜臣。李舜臣也就被灌上了“莫須有”的罪名，遭到義禁府捉拿，而元均則成為了新的三道水軍節制使。
就這樣，延續百年的朝鮮黨爭終于將一代名將打造成了“韓版岳飛”，至于李舜臣會不會重演碧波亭的悲劇，后文自會見分曉。
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