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下半場一開始，國際米蘭突然改變了上半場防守反擊的打法，羅納爾多和羅納爾迪尼奧在中圈開球之后，皮爾洛并沒有站在自己的半場呆著，而是來到了拜仁的半場，他控制著皮球在對手的逼搶下轉身面向自己的半場，然后再轉回來的時候突然直塞。(網)
在人群中穿梭，又是轉身擺脫，誰也不知道皮爾洛怎么發現的羅納爾多，皮球就準確的傳到了羅納爾多的腳下。
拜仁中后衛安德森一步沒有跟緊羅納爾多，被羅納爾多一個背后的人球分過擺脫，安德森心急之下轉身打滑，摔了一個趔趄。
在這個時候卡恩還正向自己的禁區門前走呢，看到羅納爾多已經形成單刀球了，他嚇得一激靈，趕快沖過去去封堵羅納爾多的這個單刀球。
羅納爾多上半場有過一次單刀球的機會，但是被卡恩撲了出去，不過那次他距離球門太近，沒有調整的機會，卡恩出擊的又果斷，這次卻不同了，卡恩出擊的晚了一點，而羅納爾多又有了充分的調整時間，他一個假動作扣倒了卡恩，隨即推拜仁的兩個后衛已經沖到了門前去封堵，但是這么大的門，后衛不用手根本不可能守住，皮球從林克的腳邊飛進了球網，比分變成了3:0，羅納爾多梅開二度。
這一個進球太快了，下半場開場不到20秒鐘，有些球迷還沒有回來，很多球迷不過是一走神，再一看，比分變了，身邊的球迷開始慶祝了。
被打傻了的還是希斯菲爾德，他在更衣室里又是鼓動又是調整戰術，以為能夠有一個好的改變，沒有想到開場就被當頭打了一記悶棍，拜仁鐵帥差點就砸得昏了過去這個比賽還怎么打，這真的是為榮譽而戰了！
國際米蘭開球20秒之后拜仁的球員再次開球，不過拜仁球員這時的眼睛都有些紅了，堂堂的歐冠冠軍，剛剛踢了45分鐘就被打了3:0，這個也太沒有面了，別說這還是歐洲超級杯，就算是友誼賽也不行啊，以后出去沒法見人啊，就算親近的朋友調侃一句，“你這冠軍是打假球得來的吧”，也讓人受不了啊。
拜仁慕尼黑發起了瘋狂的進攻，所有的球員全部壓上，后衛線都調整到了中圈附近，圍著國際米蘭狂轟濫炸。
希斯菲爾德在這個時候也承受不住壓力了，他馬上把熱身的前鋒揚克爾叫了過來，讓他上場，替換下狀態低迷的耶梅雷斯，把紹爾拉回來當中場，向國際米蘭發起最后的攻勢。
處于癲狂狀態的拜仁表現出了上屆歐冠冠軍的實力，國際米蘭在他們全場逼搶之下有些慌流暢的配合打不起來了，漂亮的突破不見了，羅納爾迪尼奧的技術在對手的貼身逼搶下發揮不出來，羅本這個時候顯示出身體的單薄了，畢竟他才17歲。
羅納爾多雖然身體強壯，爆發力和速度都極佳，正在巔峰期，但是在拜仁兩個中后衛的照顧下也沒有太好的辦法，在下半場進球之后，國際米蘭被拜仁全面壓制，只能是防守，打不出反擊來了。
第53分鐘，本場比賽一直表現出色的利扎拉祖在面對薩內蒂的時候再次占據上風，他假動作晃過了薩內蒂，然后從左側突破到底線內切到禁區回傳，埃爾伯在米處搶射，但是匆忙之中，埃爾伯卻將這個必進球打飛。
不過這次進攻卻鼓舞了拜仁的士氣，比賽第57分鐘，利扎拉祖想再次突破薩內蒂的時候被薩內蒂伸腳破壞，拜仁隊得到他們開場之后的第一個角球，拜仁能夠搶高點的球員幾乎全部壓到了國際米蘭禁區內爭搶頭球。
英格蘭中場哈格里夫斯在左側開出，禁區內一片后排chā上的薩利哈米季奇搶到了頭球，他力壓卡納瓦羅頭球頂在了遠角，把比分改寫成了1:3.，拜仁扳回一球。
看臺上的拜仁球迷瘋狂的歡呼鼓掌，他們壓抑了半場，現在終于松了一口氣，1:3這個比分還好看一點，那個3:0壓力太大了，簡直就像三座山一樣，剛剛享受完歐冠快樂的拜仁球迷幾乎不敢看電子記分牌啊。
現場解說員從比賽開始到現在第一次贊揚拜仁慕尼黑，“……一個中規中矩的進球！雖然只是一個定位球，但是歐冠冠軍終于打出了冠軍的風采，上半場的比賽他們看起來對國際米蘭一點辦法都沒有，軟綿綿的防守，慢騰騰的倒腳，他們還以為自己是在打聯賽啊，國際米蘭可是歐洲最瘋狂的一支球隊……時間還有，現在拜仁雖然還落后兩球，但是如果他們一直保持著這種狀態，還不是沒有扳平比分的機會……”
希斯菲爾德也是這么想的，他在進球之后繼續換人，用前鋒皮薩羅換下了埃爾伯，不是埃爾伯不好，實在是今天巴西前鋒的腳風太不順，換人如換刀，希斯菲爾德也希望能夠討個好的彩頭。
姜牧也看到自己這一方的壓力太大，在拜仁的薩利哈米季奇進球之后，他馬上讓孔塞桑和西多夫熱身，做好換人的準備。
再次開球之后，拜仁依然占據著絕對的主動，歐冠冠軍確實不是蒙來的，他們嫻熟的配合，強悍的體能硬朗的風格都給國際米蘭的中后場帶來了極大的壓力。
皮球基本上都是在國際米蘭的半場傳遞，國際米蘭的中后場受到了太大的壓制，三個前鋒很難得到支援，就像是三門大炮沒有了彈藥，只能頻繁的回撤到自己的半場參與防守。
第66分鐘，希斯菲爾德看看國際米蘭還有反抗的力量，決定繼續給國際米蘭施壓，他用美男子圣克魯斯換下哈格里夫斯，繼續加強攻勢，爭取打進第二個進球，攻破國際米蘭的心理防線。
姜牧在這個時候也做好了換人準備，西多夫上場換下了法里諾斯，孔塞桑上場，換下了羅本。西多夫換法里諾斯是加強中場對皮球的控制，孔塞桑的力量好過羅本，也更有經驗，在攻防兩端都能夠有所幫助。姜牧看到在硬度上無法和德國球隊相比，所以上一個技術型中場，希望能夠緩解一下中場的壓力，提高控球能力。
三分鐘之后，姜牧又把羅納爾迪尼奧拉到了中路，打起了4411的陣型，把兩個邊路留給薩內蒂和西米奇。
姜牧的這個調整給了國際米蘭活力，羅納爾迪尼奧來到中路和西多夫皮爾洛配合之后，增加了中場的控球優勢，而且中路有五個球員，拜仁想從中路打穿很難，中路防守厚度上來之后，邊路一直被利扎拉祖壓制的薩內蒂也終于大膽的壓上，和利扎拉祖打起了對攻。
第75分鐘，薩內蒂搶斷了利扎拉祖從右路帶球助攻，殺到禁區一側，傳給扯到禁區邊緣的羅納爾迪尼奧，羅納爾迪尼奧擺脫薩利哈米季奇的防守，高速下到底線內切，利扎拉祖追到之后在羅納爾迪尼奧背后放鏟卻沒有鏟倒小羅，小羅在底線把球回傳到了禁區弧頂處。
這個時候西多夫正好趕上，直接掄起右腳凌空彈射，皮球如同炮彈一樣直飛球網，卡恩連反應的時間都沒有，就看到皮球在球網內滾動了。
看臺上的國際米蘭球迷盡情的歡呼，誰都明白，西多夫再次把比分擴大到三球，也就基本上鎖定了勝局。拜仁哪怕有回天之力，現在時間也不夠用的了，還有15分鐘的時間，他們除非5分鐘就打進一球，但是真有這個本領的話，現在的比分也不會是這個樣子。
比分差距太大，拜仁的球員雖然意志堅強，這個時候也有些無奈，一個個表情沮喪，一分鐘之前那股高昂的士氣被這個進球打到了九霄云外。
拜仁的主教練希斯菲爾德還在場邊招呼著球員們不要放棄，但是他的心理也明白現在大局已定，拜仁最后十幾分鐘的目標就是讓比分更好看一點，別讓自己這個歐冠冠軍太過難看。
現場解說這個時候也敢于下結論了，“…結果已經定了，剩下的這十幾分鐘，希望兩個冠軍球隊能夠讓球迷們好好欣賞一下足球的賽前，大家都在關注一個問題，那就是國際米蘭如果有機會參加歐冠，他們會奪冠嗎？現在看起來，如果當時里皮不愚蠢的輸給赫爾辛堡，那么現在國際米蘭很可能就是歐冠冠軍了。當然，這一切都是猜測，每一項冠軍的獲得都有很多條件，很多的運氣，不過本賽季國際米蘭能夠參加歐冠了，明年的五月，我們就知道，他們能不能奪冠。”
最后的十幾分鐘雖然是垃圾時間，但是拜仁還是展示了他們日耳曼人的頑強，他們依然不斷的向國際米蘭發起進攻，而國際米蘭牢牢的控制著中場，沒有給拜仁多少的機會。比分第88分鐘的時候，紹爾高速帶球突破，把球傳給了禁區內的皮薩羅，皮薩羅想轉身的時候。馬特拉齊在身后將他推倒在禁區內，主裁判判罰了點球，紹爾主罰點球卻被托爾多撲出，拜仁錯失了最后一個縮小比分的機會，最終只能以1:4俯首稱臣。
拜仁連續7次沖擊歐洲超級杯失敗，而國際米蘭終于第一次捧起了歐洲超級杯冠軍的獎杯，在聯賽開始之前，國際米蘭連奪兩冠，上個賽季的奪冠總數達到了4個，也給新賽季開了一個好頭。