楊度帶著錢款施施然離開北京，開始了他合縱連橫的無雙辯士生涯。孫元起則苦命地留在京城，依舊過著朝九晚五的副部級公務員生活。學部的事務說多不多，說少也不少，每天軍機處總會轉來一些奏折，需要學部辦理。1909年底到19NO年初，孫元起就一直忙于籌辦京師圖書館和籌建京師分科大學的事情。
京師圖書館就是國家圖書館前身。中國自古有愛書藏書的優良傳統，國立藏書機構很早便已經出現。如今新建圖書館，各地官宦士紳捐贈的熱情比往經世大學送書還積極許多。孫元起搭建起里面的人員架構，圖書館很快就正常運轉起來。
至于分科大學，則類似今天大學里分設的各種學院。京師大學堂從開設之初，就被定義為中國最高等的棕合大學，學科廣泛涉及文、理、工、農、醫、法等諸多方面。學入學后，根據專業，按照《章程》規定學習相應科目，成績合格后予以畢業。
最初的設想自然是極好的，可是實行起來卻困難極多。
首先，課程設置不合理，導致學生上課經常不知所云。比如學習電路分析，之前總要先學高等數學和普通物理，才能知道所以然。但大學堂眉毛胡子一把抓，根本不分主次先后，而且基于當初國人不懂西學的實際情況，課程內容普遍過于簡單。
其次，老師經常缺崗，導致一些課程無法正常授課。京師大學堂的老師，要么是有點學問的本土官僚，要么是從國外聘請的洋教習。本土官僚多半俗緣未了，一邊在京師大學堂做老師，一邊與京中各部長官勾勾搭搭眉來眼去，期望撈個中意的實缺。一旦得償所愿，馬上離開學校·哪管聽課學生的死活？至于那些洋教習，則多是在本國混不下去的失敗者，被迫來到傳說中盛產黃金和香料的東亞淘金，本身也沒多少真才實學。京師大學堂只是他們短暫的棲身之所·哪天碰到發財良機，絕對是飄然而去，不帶走一片云彩。
第三，學生人數眾多，管理考核大為不便。科舉制度取消后，京師大學堂畢業生可以授予進士、舉人等功名，吸引傳統的讀書人一時齊聚·學堂入學人數驟然增多。京師大學堂本來管理就不嚴格，再加上位于鬧市之中，難免龍蛇混雜，學校里一片烏煙瘴氣。
有鑒于此，從198年開始，學部就籌議把京師大學堂仕學館按照學科拆分成不同專科，分開管理。
經過近兩年時間的籌措，終于拿出了分科方案：共分為經、法、文、理、農、工、商、醫等八科·除了醫科因為監督屈永秋尚未到職暫緩外，其余七科均于宣統二年（19NO年）三月間開學;其中，還允許外國留學生到經科大學學習。
需要特別說明一下·這里的“經科”可不是后世的經濟學，經濟學在清末叫“商科”，“經科”特指儒家十三經為中心的經學。這門學問除了東亞數國，全世界還真沒幾個人研究。作為經學的發源地和根據地，中國在這門學科里的地位更是無人撼動。朝廷允許外國留學生來學習經學，倒是名正言順。只是他們也不想想：現在還有哪個國家會派留學生來學習經學？
日本自明治以來大力脫亞入歐，經學早已被掃進垃圾堆。屬國之中，琉球、朝鮮被日本吞并，安南、暹羅被英法圈為殖民地，廓爾喀也岌岌可危。難道指望美利堅、歐羅巴那些信仰基督的白人？
此次大學堂分科·不難看出其中很多設置參考了經世大學的做法，使得經世大學在中國高等教育的標桿作用進一步凸顯。
當然，凸顯的不僅在于制度，還在于人事。不用說，理科、工科的教員自然全是經世大學學子，連經、文、醫也有不少是經世嫡系。此外·孫元起還舉薦張元濟出任理科大學監督、嚴復為工科大學監督、羅振玉為農科大學監督。
在學部和軍機處看來，學堂監督盡管是四品官，不過在教育口，而且是委派，半點實權沒有，是雞肋一般的存在。見學部侍郎保舉，加上他們三位在經世大學辦學確實卓有成效，居然都順水推舟同意了。等上諭傳到經世大學，張元濟、嚴復、羅振玉三人才知道孫元起保舉他們的事，都大感意外，趕緊乘車趕到城里，想向孫元起問個究竟。
剛一進門，嚴復就劈頭蓋臉地問道：“百熙，老夫的工科監督是你保舉的么？為什么保舉老夫？怎么事前都和老夫說一聲？”
“養移體，居移氣”，孫元起擔任提學使、左侍郎三四年時間，總算有點處亂不驚的模樣。當下也不著急回答，而是恭敬地請三人進屋落座，奉上香茶后才慢慢說道：“不錯，諸位先生的監督之職是我舉薦的。要問為什么，這理由可就多了。比如，我對京師大學堂總監督劉潛樓（劉廷琛）有些成見。
“諸位都是經世大學元老，知道近幾年我們學校畢業生非常搶手，不僅各處學校需要，工礦企業需要，連本校成立研究所也非常需要。這說明什么問題？說明國內需要大量高科技人才，而我們學校培養的人才遠不能滿足社會的需求，其他學校培養的學生則達不到社會需要的標準。京師大學堂作為全國公立最高學府，在此時理應肩負起這項重任，積極探索培養人才的方法。事實上呢？他們的學生事不干，就知道逛窯子、喝花酒、捧戲子！
“我會北京后曾寫信給劉潛樓，邀請見上一面，希望能說動他嚴加管束學生，提高教學質量。誰知他卻拒不相見！好，他既然不見我，我只有另外想法子。說來也巧，不久便遇上大學分科。所謂科技，無非是理、工、農、醫。醫學不是我們學校所長，我便只謀求剩下的三科。誰知天隨人愿，居然全部中選，實在可喜可賀！
“至于為什么事先沒有跟你們說一聲是因為最初舉薦之時我心中也沒底。如果先和你們說了，結果未能獲選，反而不美。所以便自作主張，還望諸位海涵！”
嚴復大為不滿：“百熙老夫已經年過半百，雄心早就消磨殆盡，不耐做官應酬，只希望在經世大學里老老實實做個教書匠。這工科監督，你還是另選高明吧！”
張元濟、羅振玉也道：“我們在經世大學不是好好的么？干嘛要去京師大學堂那灣渾水？如果說培養學生不夠用的話，下一學年多招些便是，反正每年全國報考的學生那么多！”
孫元起搖搖頭：“經世大學多招收一些學生自然可以但絕不能把培養人才的希望寄托于某一所學校，這本身就是一個不可能完成的任務。而且師生間沒有競爭、近親繁殖，很容易導致學術的退化。
“京師大學堂分科大學則是培養人才的不錯選擇，畢竟它是國立最高學府，身后有國家財力的巨額支持，學生素質也不差，老師又都是我們學校的學生，只要假以時日必然可以桃李滿天下。”
嚴復有些傷感地說道：“當年我和鹿門（皮錫瑞）在西山痛飲醇酒、共賞紅葉之際曾立下誓言，愿在學校著書教授終老一生。鹿門踐行此誓，終生不渝。如今我豈能因為鹿門辭世而負心違愿辜負好友于九泉？”
皮錫瑞因為疾病在去年冬天不幸離世，成為經世大學成立以來第一位逝去的教授。學校專門組織了治喪委員會，除了安排后事，還支持編印《皮鹿門先生全集》、在校園樹立全身雕像等。
作為生前摯友，嚴復在百忙之余，親自董理皮錫瑞的喪事，還把遺屬接到家里長住。
孫元起在建校之初便規定：學校給予老師的住宅，只允許老師在世時享有使用權;一旦老師去世，學校自動收回。但直到此時，這條規定才發揮作用。但規定畢竟沒有經過實踐檢驗看上去有些不近人情。老師為學校服務那么多年，一去世便把遺屬掃地出門，這也太令人寒心了吧？所以，這條規定隨即被修正為：老師去世三個月后，學校收回房產。給了家屬很長一段時間緩沖調整。
皮錫瑞先生也非常明理，去世之前特別囑咐家人兩件事：第一把藏書、手稿捐給學校圖書館;第二，把半山居寓所退還給學校。
孫元起也有些默然，良久才說道：“幾道先生，實在對不起，是小可魯莽了！只是工科大學監督命令剛剛發布，一時之間不好替換。而且這個職位確實非同一般，對于培養工科人才具有重要意義。我們國家現在最緊缺的就是工程師，能夠早一天造就，就能早一天發揮效用，我們是一刻鐘也耽誤不起啊！
“好在京師大學堂離我們學校不遠，而且里面老師都是您的學生，只要您立下規矩、整頓學風，他們都會認真遵從。我再從經世大學教育系給您撥幾個學生，負責參謀籌劃，不會耽誤你太多時間。半年！半年之后，我一定想辦法找人替你，如何？”
見孫元起說得實誠，嚴復只有勉為其難地答應了。
張元濟在經世大學建校之初就主持校務，對學校的感情深極了。此時皺著眉頭問道：“我和叔言都走了，經世大學怎么辦？由誰來主持工作？”
確實，他們倆一個是主持日常行政事務的校長，一個是主持教學的校務委員會主任，如今都走了，誰來處理學校千頭萬緒的工作？
孫元起摩挲著下頜的胡茬，輕聲說道：“京師大學堂衰敗已久，非用諸位痛下猛藥，則無法振聾發聵。經世大學在諸位鼎力扶持下已經漸入佳境，縱使離去后稍有停滯，也會漸此好轉。而且兩校相距不遠，到時候還希望諸位相互幫忙。學校事務，靜安如何？”
王國維是位多才多藝的學術宗師，不僅在歷史學、文學等方面橫絕古今，在美學、教育學、心理學方面也頗具開創之功。所著《教育之宗旨》一文，首次提出“美育”一詞，在中國教育史上第一個倡導德、智、美、體四育并舉的教育理念，明確提出教育的宗旨是培養“完全之人物”，為中國現代教育理論的創建做出了劃時代的貢獻。
羅振玉對于王國維來說是亦師亦友，所以了解極深，聞言答道：“靜安才華橫溢，驚艷絕倫，性喜學問而不耐俗務。如果讓他安心做學問，十年之后必然名滿天下。如果天天忙于校務，只怕十年之后他會變成一介俗人。不知百熙以為當如何抉擇？”
孫元起苦笑道：“君子自然要成人之美。”
張元濟道：“如果百熙不嫌棄，我倒可以推薦一個人選。”