十月二十三日，南京執政府召開全國軍事整編會議，吳紹霆公布了國防部歷時兩個月之久完成的各省軍隊整編方案。會議先行公布了中華民國最新軍職和軍銜，新軍制參考西洋軍隊編制，在原有的三等九級軍制上擴增為五等十七級，也就是在將級、校級、尉級之外增加士官和士兵的等級。
士官由低至高分為下士、中士、上士以及士官長；兵士由低至高分為列兵、上等兵。同時在尉官與士官之間增加準尉軍銜，但凡通過審核考入中央政府直轄軍官學校者皆配發此級軍銜，做為升級和調職的參考之用。此外，在各軍中將級軍官最高軍銜為一級上將，其次為二級上將。
一級上將對比西方軍事制度中相當于大將級別。在新頒布的軍銜制度當中，國防部還特意保留了部分北洋傳統的軍制習慣，規定各軍種榮升一級上將者保留開府置儀和制訂特殊將軍名號的權利。也就是由國家授予一級上將將軍府的牌匾，允許一級上將建立自己的將軍府，但嚴格規定將軍府只做住宅之用，限制將軍府最高占地面積，且國家不另資土木費用，一切土地、建設、人力之費由將軍個人承擔。
將軍府牌匾和將軍名號代表正式榮勛，規定此兩項永不得世襲，一級上將若因死亡、降職等原因失去榮勛資格，國家將收回牌匾和將軍名號。
當然，在名義上國家還設有“大元帥”軍銜，全稱為“中華民國海陸空三軍大元帥儀仗”，是中華民國武裝力量最高統帥者。不過“大元帥”軍銜只授予中華民國大總統，此項規定不僅列在軍事章制之中，不久將來還會記錄在憲法之中。
吳紹霆在公布完畢新軍制，緊隨其后當場宣布第一批將級名單。
蔡鍔、韋汝聰、馮國璋為一級陸軍上將；唐繼堯、曹錕、盧永祥、莫擎宇、龍濟光、何福光、李濟深、鄧鏗、陳炯明、許崇智、顧品珍、王文華、李漢章等三十九名授予二級陸軍上將；吳佩孚、孫繼直、劉震寰、楊希閔、梁鴻楷、蔡成勛、蔣百里、李鴻祥、李選廷、馬錦春、倪映典等七十四名授予中將軍銜。至于授予少將者多大一百二十多人。
此時公布暫為陸軍軍銜，稍后國防部還會公布海軍軍銜。
會議第二項是頒布戰功勛章制度，吳紹霆宣布廢除北洋政府時期大勛章、嘉禾勛章、白鷹勛章、文虎勛章、寶光嘉禾勛章等榮譽制度，但保留文虎、寶光嘉禾勛章兩種獎章的圖案樣式，將文虎、寶光嘉禾的九等制縮減為四等制，并規此二式勛章專用于軍中榮功之用。其中文虎勛章為軍人品德榮譽，寶光嘉禾勛章為軍人戰功榮譽。
在此二式勛章之外，昔日廣東軍隊頒布的金銀銅三等制鷹章也保留下來，做為士官和士兵的初級戰功勛章沿用。吳紹霆還特別賦予鷹章做為士官、士兵晉升的考核依據，銅鷹授予戰時負傷和非戰時突出表現者，銀鷹授予戰時重傷或立下突出戰功者，金鷹授予為國捐軀或榮立突出奇功者。
至于文功勛章將會由內閣各部議定，然后交由大總統簽發生效，屆時再另行公布。
會議第三項也是最重要的一項，之前的內容無非都是形式，真正大刀闊斧的行動全部集中在這一環節。按照《全國軍事整編計劃定案》的規定，中華民國目前軍事編制級別分為集團軍、兵團（軍）、師團（整編師）三大戰略戰役等級，余下的旅、團、營、連歸納為戰術等級。而中華民國武裝力量則分為共和國衛隊、共和國精英師和國防軍三大戰斗序列。
共和國衛隊屬于防守性區域部隊，在吳紹霆的計劃之中甚至不屬于常規軍。全國以各省為單位，成立共和衛隊司令部，以省名冠以司令部代號，諸如“共和國衛隊云南司令部”、“共和國衛隊山東司令部”。每個司令部直轄一個兵團的編制，具體兵力數量視各省情況而定，中央政府會在之后五年之內進行逐步調整，陸續縮減各省衛隊的兵力。
初步預計，共和國衛隊將會編為十七個兵團，轄下四十九個師和六十五個旅。但在未來五年之內將會縮減為十三個兵團，轄下三十一個師和二十七個旅。在正式命令下達之后，國防部會陸續統計全國兵力，進行適當的調整和改編。
共和國衛隊的徽記為十八星鐵盾，背后一支漢式步槍與一把軍刀交叉，寓意為防衛先為，攻擊為后。制式軍服為天藍色為主色調，不過考慮到國家財政問題以及地方現行軍服的使用習慣，制式軍服僅做預設，暫不執行。
在吳紹霆的設計之下，共和國精英師才是中華民國的常規軍部隊。
經過《全國軍事整編計劃定案》的規劃，國防部擬定共和國精英師的二級編制皆為整編師，而則第一階段之內的一級編制預計組建七個集團軍。除了已經編成的近畿鐵道集團軍，以及正在編制中的南方第一集團軍、北方第一集團軍之外，還將設立中央集團軍的番號。
會議上，吳紹霆直接下達命令，將原廣東衛戍軍整編為兩個師，番號為共和國精英第五師、第六師，再加上廣西五個師整編為兩個師，番號為精英第七師、第八師，合編為南方第一集團軍。代理總司令為陳炯明，總參謀長為李漢章，總司令部設于廣州。
南方第一集團軍除了轄下四個精英師，還將配備一個戰略火炮旅、一個海岸巡防旅（包括一艘輕型巡洋艦和八艘魚雷艇）、一個海軍陸戰旅（即參與杭州會戰的福州海衛隊），附加一個通訊團、一個后勤運輸團、一個鐵道防衛團。同時集團軍司令部直轄虎門要塞、金門要塞以及福州要塞三座海防工事。全員編制七萬八千人。
北方第一集團軍由于政治因素，段時間內無法完成建制，只是在北京大本營虛留番號。
原南方聯軍第一師團改編為中央第二集團軍，司令部設于長沙，莫擎宇為總司令，蕭耀南為參謀長。
之前的廣東三十七師、三十八師和三十九師原本就是大型師編制，現在直接更改番號為共和國精英師第一師、第二師、第三師。之前廣東騎兵師與南方聯軍第五師合編為精英第四師，李濟深為師長，梁鴻楷為副師長，蔣光鼐為師部參謀長，孫繼直調任國防軍任職。
中央第二集團軍駐扎地為湖南全省、江西贛州、廣東韶關以及貴州黔南等地，除了四個精英師之外還有附屬的戰斗旅、團若干，全軍兵員七萬兩千人。
雖然中央第二集團軍是吳紹霆的嫡系部隊，可兵員組成反而是目前幾個集團軍中最少的，這是因為國防軍編練過程中從這些部隊中招募了不少現役士兵。
要說吳紹霆不愿意加強自己的嫡系部隊那是假話，就目前中國地方軍隊而言，粵軍的戰斗力、裝備、人員素質都是一流的。只可惜壞就壞在地域局限性，粵軍常年在南方作戰，兵員百分之九十都是南方人，一旦開到北方肯定會受不了水土環境，戰斗力必然大打折扣。對此只能逐步改善士兵的適應能力，不能急于求成。
駐扎在武漢的南方聯軍第七師團改編為中央第三集團軍，楊希閔、劉震寰、戴勘三個師加上收編的鄂軍四個師，以及徐樹錚新中央第十三師的舊部，另外還包括一部分川軍、滇軍，一起整編為六個精英師。番號為第十四、第十五、第十六、第十七、第十八和第十九師，防區為整個華中地區，并涉及河南、安徽部分地區，同時負責京漢線鐵路的護衛工作。總司令任由回國歸來的蔡鍔擔任，而韋汝聰則擔任總參謀長。
中央第三集團軍建成之后，其編制規模甚至會超過近畿鐵道集團軍，全兵力將會達到十一萬人，是中華民國名副其實的第一大部隊。
吳紹霆之所以允許中央第三集團軍有如此大的規模，是因為他對這支部隊寄予很大的期望，當年的南方七大師團除了廣東部隊之外，第七師團在蔡鍔的領導之下可謂是最能打的一支，先后經過四川大戰和湖北大戰的洗禮，足以冠上勁旅的稱謂。再者第七師團的兵員來自多個省，沒有任何地域偏見，如今由融入了鄂軍士兵，南北氣候環境適應力更快。
就防守而言，湖北是銜接東南西北的交通要地，自然需要一支重裝部隊駐守。而在出兵進攻的設想上，吳紹霆甚至打算由中央第三集團軍完成北京大本營的坐鎮，直接威脅東三省的日本關東駐軍。