第二天一早，廣州發來回電，岑春渲與吳紹霆經過商議之后，決定用聯合銀行的通用紙幣拔出十萬元開拔費，另外又把廣東兵工廠積壓下來的一千支舊貨翻新的毛瑟步槍送給了李純。雖然這筆款子差強人意，用江西軍的話完全是打發要飯的，但廣州給出了明確答復，江西軍合計下來的開拔費最多不過三十萬，另外一筆去找北洋政府討要。
李純對這件事很不痛快，但如果還是繼續拖下去的話只怕會更不痛快，索性睜一只眼閉一只眼讓這件事過去，把粵北境內的部隊陸續抽調了回來。
根據吳紹霆與袁世凱達成的秘密協議，雖然收回粵北五縣，但廣東一方依然不得在粵北屯兵，只允許進駐警察維護治安。吳紹霆早在韶關交接談判還在激烈討價還價時，已經從各地警察局、警察學校以及新兵營抽調了一千八百多人，按照正規軍的配備，重機槍、輕機槍、迫擊炮等等一應俱全。
一開始準備為這一支部隊派發清一色的黑色警服，畢竟做戲也要做到底，這叫敬業精神。可是后勤部庫房的警服數量太少，臨時趕制警服太過麻煩不說又是一筆浪費。吳紹霆索性由敬業精神改為務實精神，直接給這支部隊套上正規軍軍服，又制作了一千只袖章，上面大大寫著“治安警務”四個字，就算是一支堂堂正正的警察編制了。
調集這一千八百多人只用了三五天的功夫，按照的吳紹霆意思，他是先把人派到粵北五縣駐扎下來，然后再根據駐扎的情況進行編排。為了不讓北洋政府有什么口實，他將這支部隊命名為“第十二邊防警務大隊”，負責粵北的維安和本地防務工作。大隊設置總指揮一人，其職責和級別相當于少校團長，由馬錦春調任任職。警務大隊各級軍官從教導一團、教導二團、黃埔軍校以及警察學校分配安排。
面對這樣的安排，北洋政府即便知道其中的內幕也無可奈何，更何況現在北洋政府手頭上要忙的事情多不勝數，也只能任由吳紹霆違背協議內容了。當然吳紹霆還算是留了不少情面，沒有直接把現役團調到粵北，僅僅是拉了一批新兵和警察混編而成，多多少少沒有讓局勢顯得過于擔心和緊張。
到了七月底，粵北五縣不僅僅交接完畢，革命粵軍的番號也整頓結束。
隨著新番號的貫徹落實，吳紹霆也根據廣東戰爭的情況，對麾下三個師的各級軍官做出了相應調整。戰爭是殘酷的，但經歷一次戰爭對每一個士兵和軍官來說也是難得的經驗磨礪，一次鐵血和硝煙的洗禮總會為全軍上下帶來新的升格。這次人員的調整不僅鞏固了全軍指揮系統，同時也調和粵軍內部各個派系的立足關系。
原革命粵軍第一師更改為國軍第三十七師，轄下第四十九旅和教導一團、第十炮兵團，算上師部直轄的一個警衛營一個炮兵連，和旅部直轄一個警衛營，以及輜重后勤部隊，全師滿編一萬一千九百五十五人。師長仍是韋汝聰，授予陸軍少將軍銜，副師長兼參謀長李濟深，授陸軍上校軍銜。
轄下第四十九旅旅長暫且空缺。該旅由原第一團、第二團和第二師第三團組成。之所以把第二師第三團調到第四十九旅麾下，一方面是考慮編制序號的方便，另外一方面也是為了讓新編第二師的戰斗力得意均和。早先革命粵軍的編制是一個師三個團，第一師編成時是第一團、第二團和教導團以及炮兵團，所以第三團的番號輪到了第二師下面。后來隨著軍隊人數的擴增，以及作戰單位的需要，又新編了一個第六團到第一師。
除了第三團團長龍濟光暫時抽離，由黃埔軍校新晉軍官陳銘樞出任團長之外，另外兩個團長職位不變，皆獲得中央政府授予的正式軍銜。
原革命粵軍第二師更改為國軍第三十八師，轄下第四團、第五團、第六團，以及新編的第十三機炮團。機炮團配備了大量戰馬和工程兵系統，以迫擊炮和小口徑克虜伯炮為主要火力輸出。全團迫擊炮三十六挺，M1906式克虜伯75MM步兵炮四門，M1908式仿克虜伯77MM野戰速射炮兩門。
機炮團是吳紹霆動身前往北京期間，由韋汝聰、莫擎宇和關仁甫三位師長共同參考論證，之后又投入極大的人力、物力和財力著手進行組建編制。炮兵的運用是根據廣東戰爭和粵桂戰爭總結而出的定論，無論是攻堅戰、陣防戰還是對壘戰，炮兵帶來的殺傷力幾乎占了全軍火力的一大半。
為了克服炮兵的機動性能差，所以經過討論之后提出了機炮團的理念。
以中國目前的軍事環境，很多地方軍隊甚至連像樣的炮兵都沒有，就連號稱精銳的北洋軍，所配置的火炮也只能算得上勉勉強強，更不用說大口徑重炮、高密度火力覆蓋了。因此，輕型火炮的運用在中國戰場上已經足矣，不需要什么80MM、90MM甚至更大口徑的大炮。當然機炮團除了輕型快速之外，更重要的還是減少裝備大口徑火炮的經濟負擔，所以吳紹霆從北京回來之后，看完這份報告馬上簽字落實。
第十三機炮團目前還未正式編制完成，除了基本框架和配套的雜項工作準備就緒之外，大部分技術人才還在培訓和網羅之中。如今在廣州新兵營和黃埔軍校里，每一屆炮兵科成員的合格率是最低的，再加上民間盛傳炮兵是高危作業，報名的人數本來就少，因此短期內很難完成團的編制。
不過吳紹霆并不著急，廣東戰爭結束之后所帶來的安穩日子還很長，機炮團的人員可以慢慢培養和挖掘，總有一天會正式編成。
原革命粵軍第三師更改為國軍第三十九師，轄下第七團、第八團、第九團、教導二團以及湖南團。湖南團原本在編的人員不足一千人，廣東戰爭結束后，軍事部按照吳紹霆的指令將廣州臨時暫編的城防團與湖南團合編，促成了完成的戰斗團編制。“湖南團”只是外號，合編之后的正式番號是廣東陸軍十四團。
第三十九師師部轄下一個警衛營和一個炮兵連，除此之外還設置了特別作戰指揮中心，專門負責訓練特種作戰人員以及執行特種作戰任務。所有特種作戰隊員隸屬于師部警衛營額外單位“特別任務連”，戰時可以單獨調派出來受命于指揮中心。指揮中心由第三師參謀長劉永浩親自負責，教導二團團長何應欽擔任教練處主任。
三個師是廣東全省的主力部隊，而第一師是主力部隊中的精銳部隊。全軍上下包括非戰斗人員在內，一共兩萬八千余人，已經超過革命粵軍時期的兩倍兵力。
當然，在這三個師的主戰部隊之外，尚且還有一些隱蔽的作戰部隊，比如沒有編入第一師的第十一騎兵團，還有為了應付英國人背后偷襲時在江門、新安、中山等地成立的海防團。海防團不過是臨時湊成的蝦兵蟹將，沒有太大的發展前景，所以吳紹霆決定將他們裁撤或者分編。至于騎兵團，他是故意留了這一手，打算等過一段日子直接擴編騎兵團。
從粵桂戰爭的騎兵快速偵查和機動偷襲，到廣東戰爭的破襲戰、敵后游擊，騎兵這種高機動性能的兵種越來越讓吳紹霆看中。他知道破襲戰是一種小成本的大戰斗，運用得當那就是四兩撥千斤，縱然破襲失敗，即打即走也不會有太大的損失。
北洋政府陸軍部雖然只給了三個師的番號，不過對廣東軍政府的約束力是捉襟見肘。吳紹霆之所以現在不大刀闊斧的擴軍，無非是為了給戰后的南方局勢留下緩沖的時間，沒必要讓南北雙方都擱不住面子。更重要的是，戰后重建是一樁大事，他自然不可能把經費一個子不剩全部那來增添武備，民間的力量才是自己實力的基礎。
對于擴編騎兵部隊，他已經有了具體計劃，等到時機成熟之后，他會直接將騎兵團擴編為騎兵師，成為龐大的機動作戰部隊。甚至連代號都擬定了下來，正是粵桂戰爭時的演講取詞“光榮騎兵”。他設想過將騎兵師的番號一直延續下去，二十年、五十年，縱然在未來戰場上也能看到機動部隊的身影，就好比美國的游騎兵和第一騎兵師，無非是更換了先進的作戰載具，但名號和榮譽永遠不變。
在整編番號的這段時間，吳紹霆已經安排后勤方面開始購進戰馬，并且也加大了對官方馬場的投資，爭取在一年之內擴大兩倍的合格產量。