1368年，元惠宗妥歡貼睦爾退至上都(今內蒙古正藍旗境內)。蒙古貴族在退回北方草原后繼續保持著政權，這個政權史稱‘北元‘。北元政權持續了二百六七十年，差不多與明朝相始終，最后統一于清王朝。
南北對峙的開始.
統治全國的元朝滅亡之后，蒙古貴族仍然企圖重新入主中原，不斷組織力量反攻。明朝為了鞏固自己的統治，對蒙古采取征討和招撫并用的策略。其結果，雙方都沒有能夠如愿以償，形成了南北對峙的局面。
北元初期，蒙古貴族依靠的力量主要有三枝：元河南王擴廓帖木兒(又名王保保)率領十余萬軍隊，占據山西、甘肅方面。北元丞相納哈出擁二十余萬眾據守遼東。元梁王管轄之下的云南還有十余萬軍隊，策應北元皇帝的軍事行動。此外，北元與東面的高麗、西面的畏兀兒地區仍舊保持著政治經濟的聯系。:1368年冬，惠宗命擴廓帖木兒從山西出兵奪回大都，軍行途中，明將徐達乘虛襲擊他的后方太原。擴廓帖木兒回師救援，正中計謀，被明軍襲破大營。折兵四萬，僅率十八騎逃入甘肅。山西被明朝占據。
1369年春夏，北元遠相也速幾次進攻通州(今北京通縣)，都被明軍擊退。明軍乘勢北進。惠宗從上都退往應昌(今內蒙古克什克騰旗達里諾爾西岸)，宗王慶生、平章鼎住被明軍追及擒殺，一萬將士被俘。上都陷落。1370年四月，駐守在沈兒峪口(今甘肅定西縣北)的擴廓帖木兒與徐達率領的明軍激戰。擴廓帖木兒大敗，僅與妻子和少數隨從北渡黃河，跑到漠北和林，陜西、甘肅也被明朝占據。
是月，惠宗死于應昌。五月，明軍圍應昌城，一日而下，惠宗之孫買的里八刺及后妃、諸王、官吏等多人被俘，解往京師。惠宗之子愛酞識理達臘率數十騎逃往和林，與擴廓帖木兒會合。
這一年，愛酞識理達臘即皇帝位，稱必力克圖汗，年號宣光(137I一1378)，后諾昭宗。
北元節節敗退，明朝打算乘勝徹底打垮它的勢力，以絕后患。1372年，明軍十五萬分東西中三路進攻北元。東路軍一直進至臚朐河(今克魯倫河)、土刺河、阿魯渾河(今鄂爾渾河)和稱海(今蒙古西北哈臘烏斯湖南)，打敗了所遇到的北元軍隊，但因征程遼遠，常乏水草，又遭到北元軍頑強的抵抗，自身的損失也很嚴重。西路軍在甘肅永昌、掃林山〔在肅北〕等地擊敗數枝北元軍，并進至亦集乃路(今內蒙古額濟納旗境)，降其守軍，再入瓜州(今甘肅安西東)、沙州(今甘肅敦煌西)，取得了一定的勝利。中路軍由徐達統率，在土刺河打敗擴廓帖木兒的軍隊，隨后擴廓貼木兒與北元將領賀宗哲合軍，向徐達的主力發起進攻，將徐打敗，明軍死亡萬余人，中路軍的另一枝軍隊也被打敗。總的看來，這一次明朝對北元的戰爭，以失利告終。明朝在短時期內再不敢深入北方草原作戰，北元則爭取了喘息時間，雙方在邊境地區不斷發生拉據式的沖突，其中以北元方面的失敗居多。1375年〔宣光五年，洪武八年〕，北元皇帝倚為股肱的擴廓帖木兒死于漠北，使北元軍隊失去了一位能征慣戰的驍將。這一年納哈出進攻明朝遼東州城，屢被擊敗。l380年北元國公脫火赤等經常進擾明邊，在亦集乃遭征討被俘。次年，北元平章乃兒不花在邊境地區被徐達擊敗。
1381年，據守云南的元軍遭明朝大軍的征討。白石江(今云南曲靖縣東北)一戰，元軍十余萬潰敗，被俘二萬。梁王把匝剌瓦爾密見大勢已去，帶著妻、子一同投滇池自殺。與漠北蒙古貴族逐相呼應的這支力量被消滅了。7
明朝在不惜勞師費財屢征北元的同時，對主動投降和戰爭中被俘的大批北元貴族、官吏和軍民，都給予優厚的待遇并予安置。明朝希望借此招引更多的北元人馬。明初幾十年問，確實有大量的蒙古人和漢人從北方跑到內地，成為明朝的臣民。當然，明朝的最終目的是招降北元皇帝。朱元漳曾封昭宗愛獻識理達臘之子買的里八刺為崇禮侯，不久將他送還漠北，并幾次遣使給愛酞識理達臘送信，勸他及早歸降。但是明朝皇帝從來沒有得到北元皇帝的回音。
脫古思帖木兒的敗亡
根據明代史書記載，脫古思帖木兒可能就是愛猷識理達臘之子買的里八剌。1370年他在應昌被明軍俘虜，1374年被送還。1378年愛猷識理達臘死去，他繼任北元皇帝，稱烏薩哈爾汗，年號天元(13791388)。他對明朝繼續堅持毫不妥協的立場。
明朝在進攻脫古思帖木兒之前，需要消滅納哈出。被譽為知兵善戰的納哈出率二十余萬眾駐扎金山(今吉林雙遼縣東北)一帶，始終沒有受到很大的軍事沖擊。這支強大的勢力，使明朝攻打北元汗庭時的掣肘之患。
1387年，明朝派二十萬軍隊北征納哈出。明軍步步為營，修筑寬河(今河北寬城縣)、會州、富峪(均在今河北平泉縣境)、大寧(今內蒙古寧城縣)四座城，用以存積糧草，當作根據地。隨后大軍直趨金山。
明軍壓境，納哈出深感不安。這時明軍派來了使者，勸他投降，不久納哈出的部將全國公觀童歸降了明朝。經過一番猶豫動搖，最后納哈出投降了，二十萬部眾除一些逃散的之外，都作了俘虜，其中僅官員將校就有三干三百多人。納哈出被明太祖封為海西侯。
納哈出舉眾投降，使形勢發生了巨大的變化。明太祖立即委任藍玉為大將軍，征討下一個更主要的目標脫古思帖木兒。他認為‘肅清沙漠，在此一舉‘，因此要求藍玉勿失時機，必取成功。
1388年三月，藍玉率師十五萬北進。四月，來到捕魚兒海(今貝爾湖)附近，距離脫古思帖木兒汗帳不過百余里路程。脫古思帖木兒以為明軍與納哈出作戰不久，糧草匱乏，不會深入北方再戰，沒有作迎敵的準備。而明軍前鋒奔襲他的大營之時，恰好風沙彌天，幾十步外不見人。明朝兵馬突然出現，脫古思帖木兒根本不能作有效的抵抗，太尉蠻子倉促上陣，很快戰敗被殺。脫古思帖木兒帶著太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十人逃往和林方向。這一次戰役，脫古思帖木兒的次子地保奴、嬪妃公主一百二十三人、官員三千余、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭，以及大量印章、圖書、兵器、車輛，都被明軍俘獲。
脫古思帖木兒一行逃亡途中，在土剌河遇到也速迭兒。他和太子天保奴一起被也速迭兒殺死，捏怯來、失烈門逃去，南下投降了明朝。
捕魚兒海戰役使北元貴族遭到最大的失敗。如果說在此之前他們或許還有著重振勢力入主中原的希望，那么這個希望到這時就完全破滅了。自脫古思帖木兒死，蒙古內部開始陷入連綿不斷的內訌之中，其間雖然有過幾次統一，但對明朝始終未能構成傾覆性的威脅。北元一明朝的南北對峙，從脫古思帖木兒敗亡之后成為定局明朝的北方設置
明朝在二十多年間，對北元進行了一系列軍事征討，取得了很大的勝利。然而他們知道，這離徹底消滅蒙古勢力還差得很遠。蒙古的軍事力量雖然在元朝后期一度衰敗，但是一旦回歸草原，蒙古人很快就恢復了昔日剽悍勇武的素質再次表現出吃苦耐勞、能征慣戰的特點。同時，明朝大軍盡管三五次深入北方作戰，可是由于后勤、生活習慣諸方面原因，并能永久占據草原地區。北元一蒙古終始是明王朝的巨大威脅。《明史·兵志說：‘終明之世，邊防甚重‘，主要就是指對北方蒙古防御而言的。為了保障北方邊境的安全，明朝在一系列軍事勝之后，在能夠控制的蒙古地區和蒙明邊境建立了許多設置。這些設置，有的旋設旋滅，有的長期存在并有所變化(一)設立羈縻衛所。這類衛所以降附明朝的首領為都督、都指揮使、指揮使、千戶、百戶、鎮撫等官職，自己管理內部事務定期向明廷朝貢。蒙古地區最著名的是泰寧衛(今吉林洮安一帶)，初以遼王阿札失里為指揮使；福余衛(今齊齊哈爾一帶)，以海撒男答奚為指揮同知；朵顏衛(今綽爾河流域)，初以脫魯察兒為指揮同知。泰寧、福余、朵顏三衛統稱兀良哈三衛或朵三衛，一直存在至明朝末年。在三衛的的西北面還曾設立斡難衛(今鄂嫩河流域)、堅河衛(今額爾古納左旗根河一帶)、海剌千戶所(今海拉爾一帶)、哈剌孩衛(今哈刺哈河流域)等，這些衛所在設立后不久都消亡了。在今包頭、呼和浩特、集寧地區一度設立官山、失寶赤、五花城、斡魯忽奴、燕只、甕吉剌等千戶所，隨著蒙古勢力的逐漸南下，這些千戶所也很快消亡了。
在明朝的西北地區，即今甘肅、青海西部，以及新疆東部先后設立安定、阿端、曲先、罕東、罕東左、沙州、赤斤蒙古、哈密等八衛，以蒙古族首領為指揮使等官，有的還封以王號。
(二)修筑長城壕垣。從鴨綠江起，沿著今撫順；昌圖，遼河下游、黑山、義縣、山海關一線，修筑了壕垣。東從山海關起，西至嘉峪關，經過十八次大興土石，修筑了長城，稱為邊墻，其中宣化、大同之南還修筑了內長城，稱為次邊，這就是今日見到的萬里長城。這些化費了無數人力、物力、財力而修筑的長城和壕垣，基本上都是為了防御蒙古騎兵的南下。
(三)沿長城壕垣設置重鎮，派駐重兵。自明初至中葉，明朝先后設置了九個重鎮統領前線軍士，這九個重鎮統稱九邊鎮，即：遼東鎮(治廣寧，今遼寧北鎮)、薊州鎮(治三屯營，今河北遷西縣西北)、宣府鎮(治宣府，今河北宣化)、大同鎮(治所在今山西大同)、山西鎮(治所在今山西寧武)、延綏鎮(治所在今陜西榆林)、寧夏鎮(治所在今銀川)、固原鎮(治所在今寧夏固原)、甘肅鎮(治所在今甘肅張掖)。各鎮都有總兵官、巡撫，數鎮之上還有總督。這些封疆大吏統領的兵力，多時達百萬，少時也有幾十萬，約占全國兵力的三分之二。如此眾多的兵力，當然基本上也是為了阻止剽悍的蒙古騎兵。