就在南京正式開始了中國的近代思想啟蒙運動的時候，同時也是將這次進京請原者的視線完全轉移開，而且就第一場辯論開始之后，南京內閣、國會也恢復了正常的行政事務。
就在四月十二曰，內閣也審議通過了新任呂宋省長張庚秋提交的呂宋省行政管理人員的名單，并向張庚秋頒發了委任狀和省長大印。而對于張庚秋提交的呂宋官員的名單，內閣基本都沒有異議，完全按照張庚秋的意見，不過也從國內抽調了一部份中下級官員，到呂宋出任一些基層的行政管理官員。這樣一來呂宋省的行政糸統也初步建立了起來。當然各府州縣的基層官員，只能由各級官員上任以后，再逐步的完善。
另外現在南洋戰事己經結束，荷蘭勢力已經撤底退出了亞州，中國在南洋地區建立了絕對的權力，因此對南洋地區的管理和控制，也要拿出一個詳細的規則，內閣經過幾個月的討論之后，也終于拿出了一個俱體的方案。
首先是在南洋建立一個以中國為首主導的新秩序，將各國劃定彊域，使各國都有自己明確的彊土海域邊境線，從此以后，各國就將自守各自的土地，不得越界。
當然劃定疆域并不是南洋各地都均分給南洋各國，而是以各國目前的實際控制地區為準，并不是由各國自己說多少是多少，而其他不屬于南洋各國的疆土，則全算是中國的土地。比如巴達維亞雖然在名議上是馬打蘭蘇丹國的領地，但其實馬打蘭蘇丹國并沒有實際控制巴達維亞，因此巴達維亞從此以后就算是中國的地盤了。
雖然這時南洋有十余個土著國家，但實際統治的地區還不到南洋四大島嶼總面積的四分之一，其中在加里曼丹島幾乎有近九成以上的土地都是無主的，而蘇門達臘島和蘇納威西島也都有近七成土地無主，只有爪哇島上的無主土地較少，只有西北部的巴達維亞地區，和東南部爪哇群島地區。盡管這些地區現在都是無人區，但其實都蘊含著相當豐富的資源和戰略地位，而現在首先把這些地區先劃歸到中國的領土里面來，以后再慢慢的開發。
其實這一招商毅是像俄羅斯學的，在另一時空里三十年后發生的中俄之間的雅克薩之戰和簽定尼布楚條約事情，后世的學者在研究這一歷史事件時，往往只是著眼于中國雖然在軍事情從得了勝利，但和俄羅斯在簽約的時候，在領土上做出的許多讓步，將約一百四十萬的土地讓給了俄羅斯。但卻忽略了這一次談判其實從一開始的時候，就是北極熊給中國下了一個大套。
即在劃定了邊境之后，除了中國的土地之外，那么其他的就都是俄羅斯的土地，實際在當時，俄羅斯對亞州部份的控制力極為有限，由其是遠東、西伯利亞地區其實就是三不管的地方。而在尼布楚條約簽定之后，那么俄羅斯就在法理上獲有了這些地區，不管當時俄羅斯有沒有能力開發，但劃歸自己再說。就算中國在談判的時候，沒有在領土上作出讓步，其實俄羅斯都己經占了大便易。因此千萬不要被北極熊粗魯的外表所迷惑，其實這頭熊是相當狡猾的。當然現在商毅也將這一招用在了南洋。
南洋秩序就先這樣初步確定下來，而其他的事情，比如中國和南洋各國之間的政治軍事合作、發生爭端怎樣解決，經濟來往、關稅、貨幣兌換等等事務，則就要招集南洋各國一起協商確定。當然這個秩序是中國單方面確定下來，至于南洋各國的態度，是否贊同中國提出的這個主張，則被南京內閣直接無視掉。能夠承認他們現有的土地就不錯了，估計也不會有那個國家不知趣，敢拒絕中國的要求。
這些是針對南洋各國的規則，而針對中國在南洋的利益，將南洋地區劃分成三個總督區，每個區設立總督府進行管理，毎一個總督府的權力都和以前的呂宋總督相似，總督將由南京內閣指任，但擁有很大的行政自主權，可以自行組織行政機構、官員、軍隊、關稅制度，但所有費用都由總督府自行承擔，而且每年都需要向國內上交一筆稅收費用。
而三個總督區分別為：婆夷州區，包括加里曼丹島、蘇拉威西島、馬魯古群島，總督府設在蘇卡達納；爪哇區，包括爪哇島、爪哇群島、東帝汶群島，總督府設在巴達維亞；金州區，包括蘇門達臘島，馬來半島等地區，總督府設在馬六甲。這樣一來，也就確立了中國在南洋地區的實際控制權。同時商毅也下令，將南洋艦隊一分為二，分駐廣州和馬尼拉，以維持中國在南洋地區的軍事力量。
另外也規定,每一個總督區在年滿五年之后，可以向國內申請建省，正式并入國內。
隨后內閣又連續發布了三個法案：［南洋移民法案］、［南洋土地開發法案］、［海外島嶼認領法案］。
［南洋移民法案］規定：愿意移民呂宋以及南洋其他地區的百姓，以戶為單位，按每戶移民的人口數量，成人可以分配一百五十畝土地，并得到一百五十銀元的補足，而未成年人也可分到五十畝土地，五十銀元的補足，免費發給農耕用具和耕牛，并且免除三年的田稅，但移民之后，在國內的戶籍將取消，而且所分得的土地不許買賣，耕作三年之后，按國內的標準收取田稅，五年之后土地歸該戶所有，可以由各戶自行分配，買賣。
［南洋土地開發法案］規定：只要是中國的居民，就可以自行認領，所有中國所屬的南洋地區空置土地，進行開發耕種，認領數量不限，但在認領之后，就要按照土地的數量，向中國政府交納稅收，在領認之后，土地也不得轉讓、買賣。政府將對認領土地實行保護，并可以使用在南洋戰爭中抓獲的俘虜，做為開荒耕種的勞動力。在開發六年，并交納了六年的稅收之后，土地的所有權歸認領人所有，可以自行分配，買賣。
［海外島嶼認領法案］則規定：除了中國政府規定，在南洋地區己經建立了中國勢力的島嶼、地區之外，其他的無主空置島嶼，以及南洋以外的地區，都可以任由自行認領開發，并可在內閣的外交部申請注策，由中國政府承認為該土地的擁有權，并按注策土地面積向中國政府交稅，在交繳了三年稅賦之后，中國政府將給予提供保護。
這三個法案中的前二個法案，都是甴國家組織，加大對南洋地區的移民進程，第一個法案主要是針對一般的平民，盡管現在中國大陸正在進行土地清查和重新分配，但每一戶能夠分配到的土地并算不多，以一個夫妻兩人和兩個小孩的四口之家的家庭為例，由于各地區的經濟發展不同，因此在一般的情況下，可以分配到的土地在一百畝到一百五十畝之間，最多也不可能超過二百畝。而一但移民南洋，就可以獲得四百畝的土地，這就差不多夠得上一個小地主的標準了，而且還能得到四百元銀元的補貼資金。因此移民南洋，對百姓來說還是有非常大的吸引力的。
甴其是在東南沿海地區，因為經濟發達，受內戰的影響較小，可供分配的土地并不多，即使是土地重新分配，一般的百姓能夠分配到的土地數量有限，而這一地區的百姓對南洋地區也有一定的了解，因此還是有相當一部份的百姓對移民到南洋還是有興趣的。
第二個法案則是針對那些有實力、有經濟，敢于投資的富人，以及在南洋進行海外貿易的商人。他們可以從國家免費獲得到南洋土地的使用權力，而國家則可以利用他們的資金和實力，以農莊、農場的形式，對南洋地區進行大規模的開發，以俘虜和當地土著為開發的勞動力，并收取稅收，増加國府收入，并且作為國家主導海外移民的補充。兩種形式雙管齊下，來鼓勵中國人對南洋地區的移民，加強南洋各國對中國的依附，以及中國對南洋地區的控制。
而第三個法案則是鼓勵民間對海外土地，海外殖民地的占領開放，也是鼓勵中國人的冒險開拓精神。
雖然這三個法案還是引起了一些爭議，畢竟這等于是在中國把占領海外領土，建立海外殖民地徹底合法化了，如果是在平時，肯定會引起不小的風波，但由于這時南京各屆的主要目光都集中到辯論上面，而且許多商人，百姓也對移民海外非常感興趣，畢競對于這個時代的中國人來說，土地還是俱有很的吸引力，由其是對那些從事海外貿易的商人來說，在經商的同時，還可以在南洋地區認領一塊土地進行開發，并受國家保護，又何樂而不為呢？因此經過了國會一番討論之后，也在參眾兩院得到了通過。
后世將這三個法案合稱為中國殖民法案，而且歷學屆也一致認為，在中國殖民法案公布之后，也正式標志著中國開始與歐州爭奪海外殖民地了。