與“外藩”和“一門”對應，平手幕府的直屬家臣，慣例被稱作“譜代眾”，他們的知行由家祿、勛祿、職祿三者組成。
所謂“家祿”就是一般意義上的知行領地，子承父業，世襲罔替，作為家族的產業不斷延續下去，只要不曾絕嗣或者犯錯被改易，便可以一直持有。與以前唯一的區別就是，規定家臣在指定的城里集住，土地另有人代為照料。
跟隨初代將軍創業打天下的家臣都會按照身份地位和功勞資歷，分到各自大小不等的“家祿”。但幕府穩定之后，再想獲得“家祿”的加贈就會十分困難了，必須是有非常突出的特別貢獻才可以。
畢竟扶桑的土地就這么多，沒可能無限分封下去的。
那么，在和平歲月里為幕府勤勉工作，立下苦勞，但又達不到封蔭子孫那個程度的，便頒發一些稱號、徽章、感狀、武具來予以精神層面的表揚，并賜予相應的“勛祿”作為物質獎勵。
因此就好理解了，“勛祿”的知行只與個人的勛位有關系，不管數目有多高，理論上當事人死去之后也就沒了。不過實際操作當中，平手汎秀打算制定一個“降等繼承”的原則。
倘若某人因為長期的侍奉獲得一萬石“勛祿”，當他死的時候，就發布“特許恩賞令”，允許其子嗣繼承五分之一，也就是二千石。如此類推，到第三代就是四百石，第四代就是八十石，直到最終算出來結果小于一石，才徹底取消。
當然，前提是子孫有模有樣。
這個“特許恩賞令”是否成立的決定權始終保留在幕府手里，并不是百分之百通過的。
最后是“職祿”。
顧名思義，“職祿”跟職位是一一綁定的關系，相當于崗位工資。任何人只要在職，就能領取，一旦離職，便立刻停止發放。
十六世紀的扶桑，畢竟還有相當濃厚的“封建殘余”，集權大一統程度尚淺，無法從民間獲得足夠的基層文官候選，所以高級武士身邊的隨從、幕僚往往不是“國家工作人員”而是自行聘用的私臣。
在平手汎秀的預想里，將來幕府是要任人唯賢，擇才錄用的。倘若有寒門出身之人被提拔到高位，但無法負擔相應的排場和人員規模，導致工作不力，那不是很尷尬嗎？
所以才特意設定了“職祿”，保證上崗的人都不會受此困擾。
同時也能讓中下層的譜代家臣們更有進取心。
另外，任何人如果無病無災，正常退休的話，取消“職祿”的同時都會給予一些“勛祿”當作是養老金。倘若工作成果特別巨大，或者是英勇作戰犧牲在任上，甚至有可能額外給予一些“家祿”。但是，那些因為能力不足，或者瀆職、貪墨、違法之類原因撤職的，就不會得到任何補償。
“勛祿”和“職祿”也對應具體的土地范圍，但其持有人跟土地之間的關系就更遠了，跟傳統理解的“采邑莊園”差別已經極大。
制度宣布以后，平手汎秀等不及正式制作書狀，親筆起草了文案，任命河田長親為幕府首任的“筆頭家老”，享受家祿十萬石，勛祿十萬石，職祿五萬石的待遇。
僅僅兩日之后，這位首任筆頭就手握著重逾千鈞的恩賞文書溘然長逝，含笑九泉。
平手汎秀頗為哀痛，特許讓河田長親年僅六歲的幼子“松竹丸”繼承了家祿十一萬五千石，勛祿五萬五千石，共計十六萬石的知行。并根據其遺愿讓河田家族親五人獨門立戶以譜代身份侍奉幕府。
以此為標準，服部秀安、巖成友通、中村一氏、淺野長吉、本多正信、伊奈忠次、拜鄉家嘉、細川藤孝、山內一豐、木下秀長、小西行長、加藤光泰、前田玄以、板部岡江雪齋……等數十人獲得萬石以上家祿，被認為是“大身譜代”。
家祿在一千石到一萬石之間的約二百三十人，百石到千石之間的約八百人，加起來一千多個家臣，坊間習慣說“中身”或者“中位”、“中味”之類。
獲賜百石以下家祿的共有七千四百人，對這類人民間產生了諸多俗稱，“小身”，“小者”，“小味”或者“下侍”，“末侍”。
此外還有三四萬名普通士兵，長期為平手家脫產作戰，卻一直沒能出人頭地，始終是小卒。他們的身份不同于鐵飯碗的武士階級，但也不是純粹的雇傭人員，允許世代繼承兵役并持續領受大約等同于二十幾石武士的待遇，如果沒有合適的男性后代頂替則一次性給予財產，轉為農商工行業。這些人的所謂“知行”是沒有對應到具體真實土地的，由中樞財政撥款支付，可算是“虛擬領地”。
幕府的組織從上到下劃分了許多部門。
圍繞在將軍身邊，協助共同處理國政大事的，從上到下依次是筆頭、宿老、家老、傳奉眾、側近眾五個級別的家臣，組成權力核心“年寄眾”，負責做出決策，向外傳遞。
其下設立二十余個重要部門。包括專門起草政令文書的佑筆眾，管理軍隊行政的軍奉行眾，與朝廷溝通的禁里公家相談眾，在列國間游走的巡查眾，負責維持道路和信函的傳馬眾……甚至有公開監督天下武士的目付眾，和私下作為耳目存在的暗部眾。
當然后兩者會經常有機會直面將軍。
管理錢糧財稅的文官，包括度支奉行、勘定奉行、倉庫奉行、銀座奉行、普請奉行、商屋奉行等等，雖然也要歸屬“年寄眾”管轄和監督，但由于責任深重，規模較大，專業性強，不可避免具有一定自成體系的獨立性。
掌握全國金銀礦，法定壟斷鑄幣權，控制“兵糧券”的印刷與發放，并同時禁止其他任何個人和組織制作信用票據，這就從貨幣角度控制了經濟命脈。然后還有一個重要任務就是通過專賣權的授予來從豪商巨賈那里榨取資金，這在缺乏稅務人員時不得不用的手段。
更不可能有專門的審計部門了。幸好文官之間也是存在派系的，比如伊奈忠次、長束正家非常融洽，但他們都不喜歡石田三成、安藤良整，通過職務調動，可以讓他們相互牽制。
至于日后長遠該怎么辦，交給子孫們頭疼去吧。
另外設定了龐大的親衛眾，負責將軍本人和親眷家小，以及重要辦公場所，還有各地行轅的安全工作。
還有一個部分是從事服務的“御用人”組織，包括了廚師、醫生、詩人、學者、占卜師、陰陽師、鷹匠、馬夫……乃至所有小姓、仆役的管理。
幕府的直屬職業脫產軍隊依然保持了四萬的規模。后勤和行政操手于文官，但訓練和作戰依然由“部將眾”負責。八名“軍大將”，三十多名“勢大將”，一百余名“備大將”的任免都需要將軍本人簽字。
此外最能脫離“年寄眾”管轄的是專注于審理案件，解決訴訟的“問注評定所”。平手汎秀希望他們能發展成相對獨立的法庭系統，避免文官一家獨大。
這樣幕府將軍才更好操控，倒也是某種程度的“三權分立”。只不過是在實權君主之下的分立。
進一步，汎秀還考慮，是否定期舉辦譜代、一門、外藩都派代表出席的議會，讓議會掌握立法權。不過目前看來可能會水土不服，有點過于激進了。
地方之上，則是存在了好幾種不同的組織。
最引人關注的，是管理土地田產的武士。
平手汎秀對于幕府直轄的田產，設立了十八個“御料所”，而對于名義上屬于家臣，實際由幕府代官的田產，則設定了二十三個“代官所”。
每“所”管理土地，少則五七萬石，多則二十萬石，有的是連成大片，有的是零散飛地，大約按照每五千石對應一名正式武士來決定人數規模。各所頭目的主要職責是確保糧食按時按量上繳，也承擔一定的行政、治安任務。
然后，直屬于幕府的三十四處町鎮，分別設置一個“町奉行所”，人數多少根據町鎮的人口面積和經濟規模決定。
中樞機構跟大商人打交道，主要是通過售賣專賣權的方式獲利，每次都是幾萬貫。而地方的町奉行所的工作則是棟別錢、關稅這之類瑣碎的東西。
當然也不是專門撈錢，除了財稅之外，也有警視廳來捕盜、消防，維護治安，作事奉行管各種基建修補，目安役者收集町民意見，諸如此等。
界町這種程度的大都市，奉行所會設有兩百武士，這些武士又有六七百下人，能夠承擔復雜的任務。最小的町奉行所可能只有武士十名，下人三十，不過工作壓力相應也很小。
另外在各地金銀銅鐵出產之地，設了二十一個“礦山奉行所”。他們的任務就很明白了，把礦石挖出來，進行粗加工，運回幕府交差即可。
每所之下，依然也要分為勘測規劃、實施挖掘、加工運輸、工匠管理、治安維護的幾個小部門，其實也不比町奉行簡單。生態更像是“大型國企”。